Question

我正在尝试从启用了cairo支持的源代码编译R 3.1.1。我想要这个，因为我试图在没有图形环境的服务器上运行R（因此没有X11），但仍然输出PNG。

我尝试使用

配置R.

./configure --with-x=no --with-cairo=yes --with-libpng=yes --enable-R-shlib --prefix=$HOME

这样做会生成一个没有png或cairo支持的R二进制文件（由capabilities()证明）。在config.log中，有以下内容。

configure:31563: checking for X 
configure:31749: result: disabled
configure:32420: result: using X11 ... no
configure:32530: checking whether pkg-config knows about cairo and pango 
configure:32542: result: yes
configure:32576: checking whether cairo including pango is >= 1.2 and works 
configure:32599: gcc -std=gnu99 -o conftest -g -O2 -fpic  -I/usr/local/include  -pthread -I/home/rmccloskey/include/pango-1.0 -I/home/rmccloskey/include/cairo -I/home/rmccl
oskey/include/glib-2.0 -I/home/rmccloskey/lib/glib-2.0/include -I/home/rmccloskey/include/pixman-1 -I/usr/include/freetype2 -I/home/rmccloskey/include/freetype2 -I/home/rmc
closkey/include/libpng16   -L/usr/local/lib64 conftest.c -lrt -ldl -lm  -L/home/rmccloskey/lib -lpangocairo-1.0 -lpango-1.0 -lgobject-2.0 -lglib-2.0 -lpng16 -lz -lcairo   >
&5
conftest.c:232:24: fatal error: cairo-xlib.h: No such file or directory
 #include <cairo-xlib.h>
                        ^     
compilation terminated.

正如你所看到的，configure知道cairo和pango，它也知道我没有使用X11。但是它仍然试图编译一个需要cairo-xlib.h的文件？我能在这做什么？

Answer 1

我已经能够使用CentOS-6.5和R-3.1.2完成这项工作。我不得不首先安装cairo和pango。这是我的configure命令：

./ configure --with-recommended-packages = no --without-x --with-cairo --with-libpng --with-libtiff --with-jpeglib --enable-R-shlib

Answer 2

在最狭隘的意义上，开罗似乎需要x11标头。

从更广泛的意义上讲，查看详细介绍xvfb虚拟x11服务器使用的各种答案 - 它们允许您无头使用。

此外，您可以尝试在没有x11，png，cairo的情况下构建 - 然后使用CRAN的两个cairo包中的一个来创建图形。在Debian / Ubuntu中，我们还为您预先构建了cairoDevice个包。

Answer 3

我确实遇到了一些问题。我通过使用下面非常强硬的方式解决了这个问题。

在R.x.y.z src目录中，编辑配置文件。有一条线：

#include <cairo-xlib.h>

我只是删除了这一行。然后运行此文件并制作。一切都适合我。我的cairo编译时支持x11。因为我在共享的RHEL6盒子上。我做任何事都没有根。我这样做的目的是让R与Jupyter笔记本一起工作。除此之外，我还需要在options(bitmapType='cairo')中添加$HOME/.Rprofile。这个Link非常有用。

通过做所有这些黑客攻击，现在一切都适合我。：）

Answer 4

我遇到了类似的问题。 PNG、TIFF 和 Cairo 被跳过。有什么建议吗？

  Obj-C compiler:              x86_64-conda-linux-gnu-gcc -g -O2 -fobjc-exceptions

  Interfaces supported:        X11
  External libraries:          pcre2, readline, curl
  Additional capabilities:     JPEG, NLS, ICU
  Options enabled:             shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:        PNG, TIFF, cairo
  Options not enabled:         memory profiling

  Recommended packages:        yes

这里是 sessionInfo()。

> sessionInfo()
R version 4.1.0 (2021-05-18)
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 8 (Core)

Matrix products: default
BLAS:   /expanse/projects/janssen4/dsci-csb/user/sguo2/bin/R-4.1.0/lib/libRblas.so
LAPACK: /expanse/projects/janssen4/dsci-csb/user/sguo2/bin/R-4.1.0/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.1.0

在没有X11的情况下用开罗支持编译R.

4 个答案: