Question

我正在使用Metis for Python，这是Metis的Python包装器（图形分区软件）。我安装了所有东西，它似乎工作正常，但我不明白如何构建输入图形。

有一个在线示例：http://metis.readthedocs.org/en/latest/#example

>>> import networkx as nx
>>> import metis
>>> G = metis.example_networkx()
>>> (edgecuts, parts) = metis.part_graph(G, 3)
>>> colors = ['red','blue','green']
>>> for i, p in enumerate(parts):
...     G.node[i]['color'] = colors[p]
...
>>> nx.write_dot(G, 'example.dot') # Requires pydot or pygraphviz

我运行了这个例子，它工作正常。但是在这个例子中，他们从未指定如何构造图“example_networkx（）”。我试图通过networkx构建图表：http://metis.readthedocs.org/en/latest/#metis.networkx_to_metis

我的代码是：

>>> A=nx.Graph()
>>> A.add_edges_from([(3,1),(2,3),(1,2),(3,4),(4,5),(5,6),(5,7),(7,6),(4,10),(10,8),(10,9),(8,9)])
>>> G = metis.networkx_to_metis(A)
>>> (edgecuts, parts) = metis.part_graph(G, 3)

我在最后一行收到错误。该错误可追溯到Metis内置代码中的这些行：

in part_graph(graph, nparts, tpwgts, ubvec, recursive, **opts)
    graph = adjlist_to_metis(graph, nodew, nodesz)
in adjlist_to_metis(adjlist, nodew, nodesz)
    m2 = sum(map(len, adjlist))
TypeError: object of type 'c_long' has no len()

我还尝试通过邻接列表构建图形：http://metis.readthedocs.org/en/latest/#metis.adjlist_to_metis 但这会产生与以前相同的错误。

我想知道是否有人遇到过这个问题，或者知道我做错了什么。

我在Centos 6.5上使用python 2.7

Answer 1

metis.part_graph接受图形的networkx和邻接列表表示。当你构建一个networkx图时，你几乎是对的。但是，您应该直接将此图传递给part_graph函数，而不是先将其转换为metis对象，因为part_graph函数不直接接受metis类型图。给定numpy中的邻接矩阵A，可以是：

# since weights should all be integers
G = networkx.from_numpy_matrix(np.int32(A))  
# otherwise metis will not recognize you have a weighted graph
G.graph['edge_weight_attr']='weight'         
[cost, parts] = metis.part_graph(G, nparts=30, recursive=True)

如何在Metis for Python中构建图形

1 个答案: