我怎样才能让我更优雅？

Question

我有以下数据框，基因组坐标我希望以增加的方式按第一和第二列排序：

chr4 085976379 111570775
chr1  004336501  141626155
chr10 003051921 081538660
...

我的代码：

dat[order(dat[,1], dat[,2]), ] 

我明白了：

chr1  004336501  141626155
chr10 003051921 081538660
chr4 085976379 111570775

但是，我想：

chr1  004336501  141626155
chr4 085976379 111570775
chr10 003051921 081538660

我可以删除“chr”，度假，然后添加“chr”，但我想知道是否有更“优雅”的一个班轮？

谢谢！

Answer 1

你可以尝试：

dat[order(as.numeric(gsub("chr", "",dat[,1])), dat[,2]), ] 
     V1       V2        V3
2  chr1  4336501 141626155
1  chr4 85976379 111570775
3 chr10  3051921  81538660

Answer 2

您也可以尝试“gtools”套餐中的mixedorder：

library(gtools)
mixedorder(mydf$V1)
# [1] 2 1 3

mydf[order(mixedorder(mydf$V1), mydf$V2), ]
#      V1       V2        V3
# 2  chr1  4336501 141626155
# 1  chr4 85976379 111570775
# 3 chr10  3051921  81538660