Question

我想在R中运行几个shell命令。

我已经尝试过system（）但是我还没有找到如何使用shQuote进行正确的转义。

# works OK
system('ls -a -l')

但我如何在R？

中执行perl -e 'print "test\n"'或curl --data-urlencode query@biomart.xml http://biomart.org/biomart/martservice/results之类的命令

更新

对于像perl这样的命令，我不知道如何转义引号，因为它需要引用为字符串，但已经使用了两种类型的引号。

在curl的情况下，问题似乎是在RESTful调用中传递xml与@在shell中工作但不在system（）调用中

dat <-system('curl  --data-urlencode query@biomart.xml http://biomart.org/biomart/martservice/results', intern=F)

警告：无法从文件＆＃34; query@biomart.xml"中读取数据，这会使其为空警告：POST。

该文件是biomart.xml而不是query@biomart.xml

** Update2 **

我用于测试的xml文件是：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE Query>
<Query virtualSchemaName = "default" formatter = "TSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" >

<Dataset name = "hsapiens_gene_ensembl" interface = "default" >
  <Filter name = "hgnc_symbol" value = "LDLR"/>
  <Attribute name = "external_gene_id" />

</Dataset>
</Query>

Answer 1

R中的字符串可以用单引号（'）或双引号（"）括起来。

如果要使用单引号和双引号执行命令，例如：

perl -e 'print "test\n"'

那么你为R字符串选择的结果不大 - 因为一对需要以任何方式进行转义。

假设您选择单引号：

system('')

然后我们需要以与换行符相同的方式转义单引号，并使用转义字符\：

command <- 'perl -e \'print "test\n"\''
system(command)

也可以使用\Unnnnnnnn或\unnnn以这种方式对Unicode字符进行编码。或者使用八进制（\nnn）或十六进制（\xnnn）。

因此：

atSymbol <- '\u0040' # '\x040' '\100'

如果@命令中的curl导致问题，那么对其进行编码应该可以解决问题。

Answer 2

在此示例中，除了转义'外，我还必须转义\\（使用\\\\），\.，\G，{{1 }}，但没有\K

\n

如何正确地从R内部转义系统调用

2 个答案: