Question

在UNIX中，我想根据＆＃34; DP＆＃34;过滤我的3列文件。第3列中的值。我只想获得DP值高于7的行。

A|49.14|AC=2;AF=0.500;AN=4;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;
T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

我在这里使用＆＃34; |＆＃34;用于分隔我的三列

Answer 1

这是一个简单的解决方案

$ echo "A|49.14|AC=2;AF=0.500;AN=4;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;
AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
MLEAC=6;" \
| awk '{dpVal=$0;sub(/.*DP=/, "", dpVal);sub(/;.*$/,"", dpVal); if (dpVal>7) print}'

<强>输出

T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

这会生成每一行（$ 0）的副本，剥离DP=之前的所有内容，以及该字段的尾随;字符之后的所有内容，只留下DP的值。测试该值，如果为true则打印整行（awk print的默认操作是打印整行，但您可以告诉它打印任何您喜欢的内容，可能是print "Found it:" $0或zillons变种。

修改

我想保留所有前53行，并将它们保存到我的Output.txt文件中。

是的，很容易，你走在正确的轨道上。使用awk很容易有多个条件处理文件中的不同部分或条件。试试这个：

awk 'FNR <= 53 {print} FNR > 53 { vpVal=$0;sub(/.*DP=/, "", dpVal);sub(/;.*$/,"", dpVal) if (dpVal>7) print }' File.vcf > Output.txt

（我没有要测试的文件，所以如果这不对，请告诉我。）

IHTH

根据列中的内部值过滤文件

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