Question

我正在尝试更新hdf5文件中1组中的7个数据集，但更新的数据集的大小尺寸与原始尺寸不同（但是相同的维度，即1D，2D和3D）。有没有办法改变维度属性以更新数据集？或者，我可以删除以前的组，然后在其中创建一个新组吗？我宁愿不重建整个h5文件（创建文件，创建组，创建数据集），因为它相当复杂。

我正在使用R。

中的Bioconductor rhdf5包

示例数据：

# load package from bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
library(rhdf5)

# create new h5 file and populate
created = h5createFile('example.h5')
created = h5createGroup('example.h5','foo')
h5write(matrix(1:10, nr=5, nc=2), 'example.h5', 'foo/A')

# updating dataset with data of same dimension is successful
h5write(matrix(11:20, nr= 5, nc = 2), 'example.h5', 'foo/A') 

# updating dataset with data of different dimension fails
h5write(matrix(1:12, nr= 6, nc = 2), 'example.h5', 'foo/A')

注意：我以前读过hdf5文件中的数据，但这是我第一次将数据写回文件中，所以这可能是一种天真的期望。

Answer 1

不幸的是，HDF5数据集的最大大小在创建时是固定的，之后无法增加。您将不得不重新创建至少要扩展的数据集。

HDF5确实允许你删除＆＃34;一个数据集，但这只涉及取消链接，即它变得无法访问，但空间不被回收。但是，rhdf5似乎没有为此提供接口。熟悉rhdf5的人可能会帮助你。

您可以使用

在rhdf5中设置最大尺寸

h5createDataset('example.h5', 'foo/A', c(10), maxdims=c(12))

来自rhdf5 reference manual（PDF）。如果你想要一个无限制的maxdims，它需要更多一些：首先你必须使用HDF5常量创建一个数据空间并使用它来创建你的数据集。

Answer 2

请注意，如果要将数据集更改为较小数据集，则可以这样做。您可以使用2.11.4版以上的函数“ h5set_extent”。see documentation

是否可以使用R中的rhdf5更新hdf5文件中的数据集维度？

2 个答案: