Question

我有以下代码片段正常但如果hdf5文件中不存在数据集“Test”，则会产生不需要的错误，这实际上是一个有效的案例：

library(rhdf5)
test_data <- h5read('test.h5', 'Test')
if (exists('test_data')) {
   # then read the data
   df_test <- as.data.frame(t(test_data))
   # work with df_test 
}

如果数据集不存在，

和R会输出错误：

 Error in h5read('test.h5', 'Test') : 
   Object Test does not exist in this HDF5 file.
 Execution halted

我希望优雅地处理这个问题，而不会让R进程吐出偶发错误。

Answer 1

好的，我认为，根据您的意见，这就是您想要的行：

假设您已将文件名作为参数输入，所以：

nextfile<- 'test.h5'

tryCatch(test_data <- h5read(nextfile, 'Test'), error = function(e) { print(paste("'Test' dataset not found in ",nextfile)) })

然后你就会知道哪些文件失败了。（可能您有一个类似的机制设置为将每个文件存储在不同的“test_data”或列表变量的元素test_data[[j]]

如何在尝试打开数据集之前测试HDF5文件中是否存在数据集？

1 个答案: