Question

我正在尝试与Elki一起使用预先计算的距离，但由于某种原因无法使其正常工作。我已阅读此处的说明：http://elki.dbs.ifi.lmu.de/wiki/HowTo/PrecomputedDistances以及SO：ELKI - input distance matrix上的这个问题。

不幸的是，我仍然无法让ELKI工作。

这是我在bash shell中运行的命令：

java -jar  elki.jar -verbose  -dbc.filter FixedDBIDsFilter -dbc.startid 0 -dbc.in elki_dummy_ids -algorithm clustering.kmeans.KMeansLloyd -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix elki_sample_dist_ut.txt -kmeans.k 3

这些是参数中文件的内容：

$cat elki_dummy_ids
0
1
2


$cat elki_sample_dist_ut.txt
0 0 0.0000
0 1 0.8876
0 2 0.8571
1 1 0.0
1 2 0.9059
2 2 0.0

我也尝试使用下三角距离矩阵：

$cat elki_sample_dist_lt.txt
0 0 0.0000
1 0 0.8876
1 1 0.0
2 0 0.8571
2 1 0.9059
2 2 0.0

但也没有运气。我一直收到这个错误（截断 - 但如果你需要完整的错误信息，请告诉我）：

未处理以下参数：   [external.FileBasedDoubleDistanceFunction，-distance.matrix，   elki_sample_dist_ut.txt]任务未完全配置：

参数algorithm.distancefunction的值错误。读：   de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distancefunction.external.FileBasedDoubleDistanceFunction。   预期：距离函数确定数据库之间的距离   对象。实施   de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distancefunction.PrimitiveDistanceFunction   已知类（默认包   de.lmu.ifi.dbs.elki.distance.distancefunction）：

我正在使用 OpenJDK运行时环境（IcedTea 2.4.7）（7u55-2.4.7-1ubuntu1）和 Elki 0.6.0 。

有人可以指出我在这里缺少的东西吗？提前谢谢！

Answer 1

k-means 不能与预先计算的距离一起使用。

因为它计算从点到质心的距离，这是您以前不知道的，因此无法预先计算。

另外，k-means 应仅用于数字数据，平方欧几里德距离。否则它可能无法收敛。均值最小化平方偏差，不会最小化任意距离。

你可能正在寻找PAM，k-medoids，DBSCAN，OPTICS，HAC ......这些算法做可以与其他距离一起工作，只需要成对距离。

无法与Elki一起使用预先计算的距离

1 个答案: