Question

这可能是一个非常简单的问题，但我确实需要R的帮助。

我有一个表达式数据，为此我运行了线性回归来校正协变量，我想在文件中提取残差。

以下是我的循环

for (i in 1:n) {
    geneProbe         <- z.na[,i]

    lm1    <- lm(geneProbe ~ phenotype + covariate1 + covariate2 + covariate3)

    write.table(lm1$residuals, file="residuals.txt", sep="\t")
}

当我做以下事情时

write.table(lm1$residuals, file="residuals.txt", sep="\t")

我只能为一个循环检索残差，如下所示（residuals.txt）：

Res1
-0.00224226
0.005144119
0.011142788
1.90E-05
-0.003698019

我希望将所有i s或循环中的所有内容放入单个文件中，如下所示（residuals.txt）。换句话说，每个循环都应该添加一列：

Res1            Res2            Res3            Res4
-0.00224226     0.009583449     0.000538104     0.012497267
0.005144119     0.015632242     -0.000104554    -0.009199898
0.011142788     -0.012912383    -0.004363051    -0.010270967
1.90E-05        -0.038716093    0.004149837     0.011071139
-0.003698019    0.015219847     -0.002486236    -0.009230721

Answer 1

将残差保存在循环中的矩阵或数据框中，然后在完成后保存表格。 E.g：

resdat = matrix(NA, 5,n)
for (i in 1:n) {
    geneProbe         <- z.na[,i]
    lm1    <- lm(geneProbe ~ phenotype + covariate1 + covariate2 + covariate3)
    resdat[,i] = lm1$residuals
}
write.table(resdat, file="residuals.txt", sep="\t")

如何从回归数据中提取残差？

1 个答案: