我正在尝试在python中编写管道并正确使用子进程而不是调用shell=True。生物信息学中的一个常见任务是将序列与诸如bwa的程序对齐，并将sam格式的结果传递给samtools以进行下游处理。 python包pysam帮助我完成samtools所做的所有任务，但是在python中。
我想将调用结果从对齐bwa传递给pysam，而无需写入文件。
Pysam允许您打开Samfile对象，输入文件设置为"-"，它将从标准输入读取。同样，bwa将其结果写入stdout。
到目前为止我写的方式是：
bwa_call = ["bwa", "mem", "-v", "1", "-t", str(cores), index, fwd, rev]
bwa = subprocess.Popen(bwa_call, stdout=subprocess.PIPE)
samfile = pysam.Samfile("-", "r")
这似乎有效，因为我没有看到bwa的stdout输出，但问题是pysam不知道文件何时完成，所以只是等待。
有没有一种方法可以将stdout从bwa直接传递到pysam而无需写入文件？