Question

我试图将网络可视化从D3.js绑定到Shiny中的自定义输出。出于某种原因，似乎我的渲染函数没有被调用。这是我的代码：

rbindings.js

var forceNetworkOB = new Shiny.OutputBinding();

forceNetworkOB.find = function(scope) {
  return $(scope).find("svg.rio-force-network");
};

forceNetworkOB.renderValue = function(el, graph) {

  alert('rendering')

  //actual rendering code here...

};

Shiny.outputBindings.register(forceNetworkOB, "jumpy.forceNetworkOB");

CustomIO.R

renderForceNetwork <- function(expr, env=parent.frame(), quoted=FALSE) {

  func <- exprToFunction(expr, env, quoted)

  function() {

    # Never called
    browser()

    graph <- func()

    list(nodes = graph$nodes,
         links = graph$edges
    )
  }
}

forceNetwork <- function(id, width = '400px', height = '400px') {

  tag('svg', list(id = id, class = 'rio-force-network', width = width, height = height))

}

ui.R

library(shiny)
source('customIO.R')

shinyUI(fluidPage(

  tags$script(src = 'js/d3.min.js'),
  tags$script(src = 'js/rbindings.js'),

  titlePanel('Network Visualization'),

  tabsetPanel(
    tabPanel('D3.js Force Layout',
      forceNetwork('vis.force', width = '800px', height = '800px'),
    )
  )

))

和server.R

library(shiny)

source('cytoscape.R')
source('customIO.R')

shinyServer(function(session, input, output) {


  # Load the network
  network <- networkFromCytoscape('network.cyjs')

  output$vis.force <- renderForceNetwork({

    # Never called
    print('rendering')
    browser()

    list(
      nodes = data.frame(name = network$nodes.data$Label_for_display, group = rep(1, nrow(network$nodes.data))),
      edges = data.frame(from = network$edges[,1], to = network$edges[,2])
    )

  })

})

从注释中可以看出，我的R渲染函数中的browser（）行永远不会被调用，js渲染函数中的alert（）也是如此。通过一些js调试，我可以看到我的自定义绑定正确地提供svg元素以及它的id。这可能很简单，但我无法弄清楚。

Answer 1

嗯，虽然代码似乎都是合法的，但你真的需要深入了解Shiny的源代码才能找到罪魁祸首。

当Shiny初始化时，它会调用initShiny()，然后调用bindOutputs。现在，这是bindOutputs函数的样子：

function bindOutputs(scope) {

  if (scope === undefined)
    scope = document;

  scope = $(scope);

  var bindings = outputBindings.getBindings();

  for (var i = 0; i < bindings.length; i++) {
    var binding = bindings[i].binding;
    var matches = binding.find(scope) || [];
    for (var j = 0; j < matches.length; j++) {
      var el = matches[j];
      var id = binding.getId(el);

      // Check if ID is falsy
      if (!id)
        continue;

      var bindingAdapter = new OutputBindingAdapter(el, binding);
      shinyapp.bindOutput(id, bindingAdapter);
      $(el).data('shiny-output-binding', bindingAdapter);
      $(el).addClass('shiny-bound-output'); // <- oops!
    }
  }

  // Send later in case DOM layout isn't final yet.
  setTimeout(sendImageSize, 0);
  setTimeout(sendOutputHiddenState, 0);
}

我用<- oops标记的行是导致所有问题的原因。这真的不是Shiny 本身的错误：这行代码依赖于jQuery将一个类添加到el，即svg您使用forceNetwork()函数创建的DOM元素。

类shiny-bound-output对实际绑定起作用非常重要。

问题是$.addClass对<svg>无效。 为了一个很好的参考，see this article或this question on stackoverflow。

因此，您的<svg>元素缺少必需的shiny-bound-output类，可使您的自定义OutputBinding正常运行。

解决方案：

请勿使用<svg>作为输出容器。请改用<div>。这意味着，您应该将forceNetwork功能更改为：

forceNetwork <- function(id, width = '400px', height = '400px') {    
  tag('div', list(id = id, class = 'rio-force-network', width = width, height = height))
}

您可以使用<svg>轻松附加d3.select(...).append('svg')并在那里设置宽度和高度。

（请务必同时修改find()中的rbindings.js功能。

最后一句话

如果您以某种方式将d3.select(...).append('svg')添加到您的javascript代码中，请记住在实际d3绘图之前clear()输出绑定<div>函数中的renderValue()容器。否则，每次调用renderForceNetwork时，都会向您的<svg>容器添加新的<div>元素。

闪亮的自定义输出不渲染

1 个答案:

解决方案：

最后一句话