在R中绘制热图;我该如何限制颜色数量

时间:2014-08-07 14:28:46

标签: r heatmap

我有以下数字数据框:

> cnv_n
       V1  V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8  V9
 [1,]  31  37  30  30  33  30  33  36  44
 [2,] 104 107  94 109 108 105  99 101 123
 [3,] 522 545 539 554 500 537 454 474 512
 [4,]  36  39  34  37  33  38  36  37  40
 [5,]  62  70  62  64  62  60  57  61  70
 [6,]  12  13   8   8  10   9  13  12  14
 [7,]  70  75  62  66  70  70  74  79  80
 [8,]  22  20  22  21  23  24  20  25  25
 [9,]  75  76  77  74  73  69  55  67  77
[10,]  40  46  39  43  38  39  38  38  41
[11,] 171 186 172 171 164 169 157 175 190
[12,]  47  56  51  55  49  45  55  46  53
[13,] 183 200 170 191 172 168 195 207 210
[14,] 175 165 161 187 174 199 152 166 180
[15,]   5   7   5   8   8   6   8   7   6
[16,]  71  80  69  78  70  76  66  78  83
[17,] 377 413 369 401 371 366 360 362 415
[18,] 191 187 187 199 184 181 195 192 221
[19,] 294 321 273 306 289 273 298 326 340
[20,]  30  31  32  29  29  28  22  24  30
[21,] 109 123 108 114 106 105 105 111 123
[22,] 446 461 441 474 433 440 408 443 489
[23,] 498 537 467 511 490 479 429 496 552
[24,] 354 401 333 371 367 370 348 385 423
[25,] 319 338 299 322 289 297 263 325 350

我需要绘制一个热图,这可以简单地完成:

> heatmap(cnv_n)

我对这有什么问题。 树形图根据彼此的相似性重新排列行和列,是否正确? 如果由于某种原因我不希望这样做,我可以这样做:

heatmap(cnv_n, Rowv=NA, Colv=NA)

所以现在保留了订单。

我很想知道这个热图的属性是什么。它显然自动确定需要分配什么颜色的范围。如何获取关于哪种颜色代表我的数据框中的数字范围的图例?

如果我认为R猜测的范围是宽松的或过于严格的,实际上我想要的最多只有10种颜色会怎样?

我阅读了热图的信息,但我还不够先进,无法了解如何找到这些信息。

感谢您的帮助。 阿德里安

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