PCA投影图与ggplot2

Question

我有一个图表，展示了将点投影到轴上具有最大方差的想法。 R中的代码粘贴在下面，我需要一个初始指针，如何在ggplot2中重现这个图。

# Simulate data
library(mvtnorm)
set.seed(2014)
Sigma <- matrix(data = c(4, 2, 2, 3), ncol=2)
mu <- c(1, 2)
n <- 20
X <- rmvnorm(n = n, mean = mu, sigma = Sigma)

# Run PCA
pca <- princomp(X)
load <- loadings(pca)
slope <- load[2, ] / load[1, ]
cmeans <- apply(X, 2, mean)
intercept <- cmeans[2] - (slope * cmeans[1])

# Plot data & 1st principal component
plot(X, pch = 20, asp = 1)
abline(intercept[1], slope[1])

# Plot perpendicular segments
x1 <- (X[, 2] - intercept[1]) / slope[1]
y1 <- intercept[1] + slope[1] * X[, 1]
x2 <- (x1 + X[, 1]) / 2
y2 <- (y1 + X[, 2]) / 2
segments(X[, 1], X[, 2], x2, y2, col = "red")

Answer 1

将矩阵X和向量x2和y2放在一个数据框中。

df<-data.frame(X,x2,y2)

然后将列X1，X2用作x和y值，将x2和y2用作xend=和yend=。积分将添加geom_point()，与geom_abline()一致，与geom_segment()一致。使用coord_fixed()，您可以确保x和y轴的宽度相同。

library(ggplot2)
ggplot(df,aes(X1,X2))+
      geom_point()+
      geom_abline(intercept=intercept[1],slope=slope[1])+
      geom_segment(aes(xend=x2,yend=y2),color="red")+
      coord_fixed()