如何使用qsub将cat命令提交到集群并正确使用管道

Question

我想提交几个猫工作＆＃34;使用qsub飞到集群。目前，我在命令结尾处将几个文件与cat连接到一个文件（使用＆gt; output_file）。 问题是qsub需要＆gt;来自命令的output_file作为qsub的一部分，放置作业的日志而不是cat输出。

qsub -b y -cwd -q bigmem cmd1

其中cmd1如下所示：＆＃39; cat file1 file2 filen＆gt; OUTPUT_FILE＆＃39;

Answer 1

当作业通过pbs运行时，stdout被重定向到作业的输出文件，因此执行此操作的方法是编写脚本：

#!/bin/bash
cat file1 file2 ... filen

您不需要将输出重定向到文件，因为妈妈守护程序会在您设置作业时为您执行此操作，您只需使用-o指定所需的输出文件。例如，如果您将上述脚本命名为script.sh（确保它是可执行的），您需要提交：

qsub script.sh -b y -q bigmem -o output_file

Answer 2

除了dbeer的回答，如果您的代码是一次性的，您可以使用echo：

echo "cat file1 file2 ... filen > outfile" | qsub -cwd <options>