Question

我使用SUN的SGE将我的作业提交到集群系统。问题是如何让计算机在主机中查找环境变量，或者如何配置qsub脚本以使计算机器在主机中加载环境变量？以下是一个脚本示例，但它会说一些错误，例如找不到库：

    #!/bin/bash
    #
    #$ -V
    #$ -cwd
    #$ -j y
    #$ -o /home/user/jobs_log/$JOB_ID.out
    #$ -e /home/user/jobs_log/$JOB_ID.err
    #$ -S /bin/bash
    #

    echo "Starting job: $SGE_TASK_ID"

    # Modify this to use the path to matlab for your system
    /home/user/Matlab/bin/matlab -nojvm -nodisplay -r matlab_job 

    echo "Done with job: $SGE_TASK_ID"

Answer 1

您正在使用的技术（添加-V）应该可行。您使用-S指定shell的一种可能性是，Grid Engine配置为启动/ bin / bash作为登录shell，并且您的配置文件脚本会在您尝试传递给作业的整个环境中踩踏。

在排队/运行时尝试在作业上使用qstat -xml -j，以查看Grid Engine尝试传递给作业的环境变量。

尝试在脚本中添加env命令，以查看设置了哪些变量。

尝试在脚本中添加shopt -q login_shell;echo $?，告诉您它是否作为登录shell运行。

要列出在网格引擎中配置为登录shell的shell，请尝试：

SGE_SINGLE_LINE=true qconf -sconf|grep ^login_shells

Answer 2

我认为这个问题是由于你没有在SGE的login_shells中配置BASH 通过LinkedList<YourObject> list = new LinkedList<YourObject>(); ListIterator listIt = list.listIterator(); YourObject sample = listIt.next();//or any of the objects you need in your list int valueOfSample = sample.getFirstParameter();//Assuming getFirstParameter is a method of your object class that returns the first integer parameter检查您的login_shells，看看是否有bash。

login_shells UNIX命令解释器，如Bourne-Shell（参见sh（1））或C- Shell Engine可以使用Shell（请参阅csh（1））来启动作业脚本。该命令解释器可以作为登录shell启动（即全部系统和用户默认资源文件，如.login或.profile 在启动命令解释程序和环境时执行对于作业将被设置为好像用户刚刚登录）或只是用于命令执行（即只有特定于shell的资源文件，如将执行.cshrc并设置最小的默认环境 Grid Engine - 请参阅qsub（1））。参数login_shells包含一个逗号分隔的命令的可执行文件名列表 preters作为login-shells启动。此列表中的壳仅供参考如果参数shell_start_mode（见上文）作为登录shell启动设置为posix_compliant。

qconf -sconf

如何使用qsub复制集群系统中的环境变量？

2 个答案: