使用包裹的问题' minet' - 找不到函数mutinformation

时间:2014-07-29 21:22:52

标签: r statistics rstudio bioconductor

当试图运行Minet文件/插图中的示例代码时,我遇到了一些问题,例如

mim <- build.mim(discretize(syn.data), estimator)

Error in build.mim(dataset, estimator, disc, nbins):
    could not find function "mutinformation"

我还收到了其他错误,例如&#34;未知估算器&#34;当尝试前缀为&#34; mi。&#34;例如&#34; mi.empirical&#34。

我正在运行Windows 8.1。任何帮助将不胜感激!

编辑1:其他信息

在玩了一些之后,我遇到的主要问题是尝试使用离散函数时:

> data(syn.data)
> disc <- "equalwidth"
> nbins <- sqrt(nrow(syn.data))
> ew.data <- discretize(syn.data, disc, nbins)

Error: could not find function "discretize"

这会导致所有功能出现相同的错误,例如build.mim或minet利用离散化。我可以成功运行build.mim而不包括离散化。

此外,如果我使用任何mi。*估算方法使用minet(同时排除离散论证),我会收到错误,例如

> res<-minet(syn.data,"mrnet","mi.empirical","equal width",10)
Error in build.mim(dataset, estimator, disc, nbins) : 
  could not find function "mutinformation"

然而,使用&#34; spearman&#34;运行相同的功能估计工作正常。

编辑2:sessionInfo()的输出

> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252    LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252
[4] LC_NUMERIC=C                            LC_TIME=English_United Kingdom.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] minet_3.20.0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.0

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

discretize()是您可以在CRAN中找到的包infotheo中的函数。在minet文档中有一些对该包的引用。也许我的作者已经将一些功能移到了infotheo包中,但由于它不是依赖项,因此它不会自动安装。关于此,可能值得联系作者。

library(infotheo)
data(syn.data)
disc <- "equalwidth"
nbins <- sqrt(nrow(syn.data))
ew.data <- discretize(syn.data, disc, nbins)

同样适用于multiinformation()函数()。它是infotheo包的一部分。