python - networkx - 使用两个列表绘制不同颜色的节点

Question

我是networkx的新手，需要一些帮助。我之前搜索过，无法解决我的问题。我有一个networkx graphviz图像，使用列表作为节点的输入，以及边缘的两列文件。第二个文件包含第一个列表中的项目，以及与节点大小相对应的值。我有另一个文件，其中包含原始列表中的项目，我需要这些相同的项目显示另一种颜色，而不更改图形的布局或结构。

以下是我一直在测试的一些代码：

import sys
from collections import defaultdict
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

inp = sys.argv[1]
cluster = sys.argv[1] + ".cluster"
counts = sys.argv[1] + ".counts"
hybrids = sys.argv[2]

with open(cluster, "r") as f1:
        edges = [line.strip().split('\t') for line in f1]

with open(counts, "r") as f2:
        countsdic = defaultdict(list)
        for line in f2:
                k,v = line.strip().split()
                countsdic[k].append(v)

with open(hybrids, "r") as f3:
        hybrids = [line.strip() for line in f3]

tmp = []

for el in sum(edges, []):
        tmp.append(el)

nodes = []

for t in tmp:
        if t not in nodes:
                nodes.append(t)

node_sizes = {}
for n in nodes:
        node_sizes[n] = ' '.join(countsdic[n])

sizes = []

for v in node_sizes.values():
        x = int(v) * 10
        sizes.append(x)

g = nx.Graph()

g.add_nodes_from(nodes)

g.add_edges_from(edges)

for node in nodes:
        if node in hybrids:
                color = 'green'
        if node not in hybrids:
                color = 'blue'

nx.draw_graphviz(g, prog="fdp", node_color-color, node_size = sizes)

for node in nodes:
        if node in hybrids:
                g.add_node(node, fillcolor='green')
        if node not in hybrids:
                g.add_node(node, fillcolor='blue')

A = nx.to_agraph(g)
A.layout()
A.draw(inp + ".png")

plt.figure(1,figsize=(2000,2000))
plt.savefig(out + ".png", dpi = 1000)
plt.show()

如果节点列表中存在混合列表中的项目，我需要能够更改节点的颜色，而不更改节点列表的结构以维持原始图像结构。我尝试删除与节点中的混合匹配的项目，并使用这两个列表创建不同颜色的节点，但是没有颜色更改，并且图形布局发生了显着变化。我想继续使用graphviz中的“fdp”，除非有人可以建议一种方法将簇从最大到最小垂直放置。

我在搜索中偶然发现了A = nx.to_agraph（G），我确实喜欢这种表现形式，并且颜色按照预期的方式改变了，但是图像质量低，而对于较大的聚类，没有什么是可识别的。任何人都可以建议如何提高图像的质量？或许，扩大大型集群会更大吗？

这是原始的graphviz fdp图：

这是输出形式A = nx.to_graph：

首选纠正这两种方法，所有帮助都表示赞赏。

Answer 1

这是我用于着色图表的内容。

## assign a node attribute, which I am going to color according to
for node in G.nodes():
    G.node[node]['category'] = my_category_dict[node]
## put together a color map, one color for a category
color_map = {'type_A':'b', 'type_B':'#FF0099', 'type_C':'#660066'} 
## construct a list of colors then pass to node_color
nx.draw(G, node_color=[color_map[G.node[node]['category']] for node in G])
plt.show()

然后我得到了如下图像。我使用了比示例中更多的颜色。这是你想要的吗？

另外，this page有许多我在绘制图表时发现有用的示例。

Answer 2

谢谢，sophiad回复你。似乎我一直在寻找的答案就在我的鼻子里。我需要列出要传递给nx.draw_graphviz的颜色列表。

所以，正确的代码（我发现）将某种颜色传递给比较两个列表的节点：

colors=[]
for n in nodes:
    if n in hybrids:
        colors.append('g')
    else:
        colors.append('b')

nx.draw_graphviz(g, prog="fdp", node_color = colors, node_size = sizes)

为了更改文本版本，镜像颜色节点版本，我所要做的就是将A.layout（）更改为A.layout（prog =“fdp”）

它不会改变布局！

原始图片：

新图片：

新文字版本：

Answer 3

好的，我几乎得到了它。我能够改变我想要的节点的颜色，但它没有保持图形的相同形状，我也能够更新图形表示graphviz fdp格式。如果有兴趣的话，这里有一些变化：

with open(counts, "r") as f2:
        countsdic = defaultdict(list)
        for line in f2:
                k,v = line.strip().split()
                countsdic[k].append(v)

with open(hybrids, "r") as f3:
        hybrids = [line.strip() for line in f3]

print hybrids
tmp = []

for el in sum(edges, []):
        tmp.append(el)

nodes = []

for t in tmp:
        if t not in nodes:
                nodes.append(t)

node_sizes = {}
for n in nodes:
        node_sizes[n] = ' '.join(countsdic[n])

sizes = []

for v in node_sizes.values():
        x = int(v) * 10
        sizes.append(x)

g = nx.Graph()
#g.add_nodes_from(nodes)

g.add_edges_from(edges)

#for node in nodes:
#        if node in hybrids:
#                color = 'green'
#        if node not in hybrids:
#                color = 'blue'

pos=nx.graphviz_layout(g, prog='fdp')
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, nodelist=[str(n) for n in nodes], node_color='b', node_size = sizes)
nx.draw_networkx_nodes(g, pos, nodelist=[str(n) for n in nodes if n in hybrids], node_color='g', node_size = sizes)
nx.draw_networkx_edges(g,pos)
#nxgraph(graph)

#for node in nodes:
#       if node in hybrids:
#               y.add_node(node, fillcolor='green')
#       if node not in hybrids:
#               g.add_node(node, fillcolor='blue')

A = nx.to_agraph(g)
A.layout(prog="fdp")
A.draw(inp + "2.png")

plt.figure(1,figsize=(2000,2000))
plt.savefig(out + ".png", dpi = 1000)
plt.show()

然而，使用frap格式与agraph使一切变黑。如果有人可以提供帮助，我仍然希望节点具有特定的颜色。我还想保留图形的原始形状和格式，只需更改节点颜色，如果有人仍然可以帮助它。如果我弄明白的话，我会继续研究这个并发布另一个答案。感谢任何看过这篇文章的人。 （我无法发布更新的图片，因为太大了）