Question

我有一个R文件（myfile.R）。我想使用shell脚本运行它。我怎样才能做到这一点？我试过这个：

#! /bin/bash
Rscript myfile.R

但是它给了我这个错误：Rscript：command not found

我也试过这个：

#! /bin/bash
R --not-save-- < myfile.R

它也会出现此错误：R：找不到命令

最好的方法是什么？

Answer 1

想法是不编写一个shell，而是写一个 R 脚本。这就是Rscript的用途，我们的littler包提供/usr/bin/r甚至在此之前。

所以就这样做

 #!/usr/bin/Rscript

 cat("Hello, world\n")
 # rest of your code below

或使用

 #!/usr/bin/r

for littler - 我有多个cron工作就是这么做的。

这显然假设您Rscript中有r或/usr/bin。在常规的Debian或Ubuntu盒子上。

Answer 2

我认为您正在寻找的是批处理模式。你可以这样做：

R CMD BATCH [options] infile [outfile] &

您可以阅读有关批处理模式here.

的更多信息

Answer 3

这适用于Windows上的Cygwin：

#!/cygdrive/c/Progra~1/R/R-3.3.0/bin/x64/Rscript.exe

# dummy example

cat("Hello StackOverflow\n")

Answer 4

使用命令R启动R，然后添加您的代码

user@ubuntu:~/RCode/RCode$ R
> source("data_acquisition.R")
> load_libraries()
> df <- acquire_nps()
> head(df)
...

Answer 5

考虑到您已经在计算机（基于Linux）中安装了R，下面是在sh文件中运行R可以遵循的步骤。

OS：Mac-Os（莫哈韦版本）

R版本：3.6

步骤1 ：我已经使用brew在Mac机器上安装了R。

$ brew install r（-这会将最新的R安装到您的计算机中-）

第2步：创建示例sh文件。（startR.sh）

$ touch startR.sh

第3步：将以下内容复制到您的startR.sh文件中

$ vim startR.sh

（在内容下方粘贴）

#!/bin/sh
Rscript sample.r
echo " r sample run"
exit

（--我用名称sample.R创建了简单的R文件，其中包含以下内容-）

sayHello <-function（）{

print（'hello'） }

sayHello（）

（这是简单的hello函数，请根据实际函数随意更改）

注意：请将您的sample.R放在与startR.sh相同的位置

第4步：将权限更改为.sh文件

$ chmod 750 startR.sh

第5步：执行.sh文件

$ sh startR.sh

如果一切正常，它将在输出下方显示。

在启动过程中-警告消息： 1：使用“ C”设置LC_COLLATE失败 2：使用“ C”设置LC_TIME失败 3：使用“ C”设置LC_MESSAGES失败 4：使用“ C”设置LC_MONETARY失败 1“你好” r样品运行