获取热图数据而不绘制热图

Question

我想提取热图的结构值，但我不需要绘制热图。 有没有办法做到这一点？我使用的函数是heatmap。

dm<-matrix(1:100,nrow=10)
ht<-heatmap(dm)
v1<-ht$rowInd
v2<-ht$colInd
v3<-ht$rowV
v4<-ht$colV

从上面可以看出，绘制了热图。我想知道是否有办法将v1提取到v4而没有绘图ht。 感谢。

Answer 1

所以你基本上只想要树形图信息。您可以按照heatmap()的方式自行计算。

dm<-matrix(1:100,nrow=10)

Rowv <- as.dendrogram(hclust(dist(dm)))
rowInd <- order.dendrogram(Rowv)

Colv <- as.dendrogram(hclust(dist(t(dm))))
colInd <- order.dendrogram(Colv)

然后，如果你想绘制热图而不重新计算树形图，你可以运行

heatmap(dm, Rowv=Rowv, Colv=Colv)