Question

我有一个栅格值（Raster包）：

values(r)<-c(2,1,0,0,1,
             1,1,1,0,0,
             1,0,1,0,0,
             2,1,0,1,0,
             2,2,0,0,2)

我想在每个班级中找到clumps =补丁（值1,2）。不幸的是，clump（Raster）函数返回由O或NA值分隔的补丁，因此它将值1,2混合到单个补丁中。

另外，我想排除仅包含1个像素的补丁并将其设为NA，这可以用

values(rc)[!duplicated(values(rc)) & !duplicated(values(rc),fromLast=T)] <- NA
#(many thanks to @agstudy)

但是，我想排除仅包含1个像素但按类别值分隔的补丁（1,2）。

最后，我想获得：

values(r)<-c(NA,1,NA,NA,NA,
             1,1,1,NA,NA,
             1,NA,1,NA,NA,
             2,NA,NA,1,NA,
             2,2,NA,NA,NA)

代码示例：

library("raster")
r <- raster(ncols=5, nrows=5)
values(r)<-c(2,1,0,0,1,
             1,1,1,0,0,
             1,0,1,0,0,
             2,1,0,1,0,
             2,2,0,0,2)

Answer 1

可能为时已晚，但我在处理同一主题时发现这个问题没有得到解答。

答案是遍历所有类值并分别对每个类进行聚集，同时填充带有NA的新栅格，其中块的频率为1（用于移除小块的原始代码：https://geoscripting-wur.github.io/AdvancedRasterAnalysis/#Applying_a_raster_sieve_by_clumping）。通过将此NA光栅与原始光栅相乘，可以移除1个像素的色块。

请注意，我们必须展开栅格，否则左边和右边是'触摸'，因为默认的x坐标是-180到180.最后，最终的栅格会被裁剪到原始范围。

# extend raster, otherwise left and right edges are 'touching'
r <- extend(r, c(1,1))

# get al unique class values in the raster
clVal <- unique(r)

# remove '0' (background)
clVal <- clVal[!clVal==0]

# create a 1-value raster, to be filled in with NA's
r.NA <- setValues(raster(r), 1)

  # set background values to NA
  r.NA[r==0]<- NA

# loop over all unique class values
for (i in clVal) {

  # create & fill in class raster
  r.class <- setValues(raster(r), NA)
  r.class[r == i]<- 1

  # clump class raster
  clp <- clump(r.class)

  # calculate frequency of each clump/patch
  cl.freq <- as.data.frame(freq(clp))

  # store clump ID's with frequency 1
  rmID <- cl.freq$value[which(cl.freq$count == 1)]

  # assign NA to all clumps whose ID's have frequency 1
  r.NA[clp %in% rmID] <- NA
} 

# multiply original raster by the NA raster
r <- r * r.NA

# crop the originally extended raster ((row 2-6 and column 2-6))
r <- crop(r, extent(r, 2, 6, 2, 6 ))

getValues(r)
#  [1] NA  1 NA NA NA
#       1  1  1 NA NA  
#       1 NA  1 NA NA  
#       2  1 NA  1 NA  
#       2  2 NA NA NA

Clump栅格值取决于类属性

1 个答案: