Question

每当我使用.libPaths()函数更改库路径顺序时，如果我重新启动R，它将恢复为默认值。如何永久更改此值？我正在研究Linux计算集群（我没有管理员权限）所以，我想永久地将我的本地库添加到R.

每次开始R

时我都必须这样做

.libPaths(c("/home/...","/home...","/local/library"))

Answer 1

为了完整性，我无法在评论中表明这一点：

1）所有装有R软件包的Debian和Ubuntu系统都默认使用：

edd@max:~$ R -q -e 'print(.libPaths())'
R> print(.libPaths())
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" 
[3]            "/usr/lib/R/library"           
R> 
R>

2）我们可以通过修改R_LIBS_SITE：

来改变

edd@max:~$ R_LIBS_SITE="/usr/lib/R/Library" R -q -e 'print(.libPaths())'
R> print(.libPaths())
[1] "/usr/lib/R/library"
R> 
R>

3）但是修改R_LIBS使不工作：

edd@max:~$ R_LIBS="/usr/lib/R/Library" R -q -e 'print(.libPaths())'
R> print(.libPaths())
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" 
[3]            "/usr/lib/R/library"           
R> 
R> 
edd@max:~$

请参阅help(Startup)了解完整详细的治疗方法。在Debian和Ubuntu上，我们将这三个目录设置为十年来的默认目录。由于它是通过R_LIBS_SITE设置的，因此这是您需要在此处更改的变量。通常，您需要覆盖保存值的变量，您可能不知道 ex ante 是哪一个。

至于原始答案，在Debian和Ubuntu上我们使用文件/etc/R/Renviron。作为help(Startup)详细信息，您可以设置任意数量的方法来为您的启动更改此永久 - 所有这些点适用于所有不同的操作系统：

如果您拥有适当的权限，请更改Renviron或Renviron.site 等系统文件
否则，请更改每用户文件~/.Renviron
或者，如果您具有适当的权限，则在系统级更改环境变量R_LIBS或R_LIBS_USER或R_LIBS_SITE
否则，请在用户级别更改变量R_LIBS或R_LIBS_USER或R_LIBS_SITE。
最后，在您的R启动文件中调用.libPaths(...new path to be added here...)，例如在.Rprofile。

请参阅help(Startup)进行更全面的讨论。

Answer 2

2个主要解决方案：

在user has_many adverts中，您可以留下设置advert belongs_to user
只需将适当的环境变量（如Windows中的.Rprofile或Linux中的.libPaths()等）设置为您喜欢的任何内容，例如
。
```
R_LIBS
```

Answer 3

在R安装文件夹中找到Rprofile文件（无点）

find -name Rprofile

#Getting something like:
#lib/R/library/base/R/Rprofile

打开文件并搜索：

invisible(.libPaths(c(unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS"), ":")),
                      unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS_USER"), ":") )
                      )))

注释其他路径并添加所需的路径

invisible(.libPaths(c(#unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS"), ":")),
                      #unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS_USER"), ":") )
                      "/home/users/username/R/4.0.1/lib/R/library" # desired path
                      )))

这也可能有用：（对于.bashrc文件）

export R_LIBS='/home/users/username/R/4.0.1/lib/R/library'
export R_LIBS_USER='/home/users/username/R/4.0.1/lib/R/library'

Answer 4

在Mac上，我发现在“全新”安装中没有用户库，并且所有软件包均安装在特定于版本的系统库中。最终，将创建一个用户库（可能是偶然地或通过RStudio提示符），并将其设置为默认位置以供将来安装软件包。因此，如果您不密切注意，则最终会在系统库中安装一些软件包，并在用户库中安装一些软件包。

用户库位于第一位，系统库位于第二位：

.libPaths()
> [1] "/Users/<username>/Library/R/3.6/library"                         
> [2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library"

我喜欢将所有内容都放在一个地方（系统库），因此（永久地）要执行以下操作：

在“终端”窗口中，在用户目录中创建一个.Rprofile文件：

nano ~/.Rprofile

在该文件中，添加以下R代码行：

.libPaths( c(.libPaths()[2], .libPaths()[1]) )

或者，添加类似的R代码行，但带有硬编码的路径：

.libPaths( c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library", "/Users/<username>/Library/R/3.6/library") )

用您的实际用户名替换<username>。然后Ctrl-O（保存）并Ctrl-X（退出）该文件。

每条线都会切换上面列出的路径的顺序，因此路径[2]（系统）为第一（默认），路径[1]（用户）为第二。

重要的是，通过将这一行代码放入用户的.Rprofile中，它将在每次R启动时运行，并且您（希望）不必再为此担心。

如何在R中永久更改.libPaths（）？

4 个答案: