ggplot2＆amp; stat_ellipse：围绕多组点绘制椭圆

Question

这可能很简单，但我试图在我的PCoA图上绘制椭圆形。

我的数据框（sc）是：

             MDS1        MDS2 Treatment
X1xF1 -0.19736183 -0.24299825   1xFlood
X1xF2 -0.17409568 -0.29727596   1xFlood
X1xF3 -0.15272444 -0.28553837   1xFlood
S1    -0.06643271  0.47049959     Start
S2    -0.15143350  0.31152966     Start
S3    -0.26156297  0.12296849     Start
X3xF1  0.29840827  0.04581617  3xFloods
X3xF2  0.50503749 -0.07011503  3xFloods
X3xF3  0.20016537 -0.05488630  3xFloods

我的代码是：

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+geom_point(size=3)+
  ggtitle("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))+
  stat_ellipse()

它绘制PCoA直到stat_ellipse（）为止。我已经尝试了各种参数，充其量我可以为整个情节得到一个椭圆（虽然我现在似乎无法重现）。

我所追求的是三种治疗的三个CI椭圆，颜色与治疗相同。任何帮助将非常感谢！

感谢。

Answer 1

stat_ellipse(...)包中没有ggplot，因此您必须从其他地方进行检索。小心分享？我知道至少有两个版本，here和here。这些都不适用于您的数据集，这很奇怪，因为它们都与其他数据集一起使用。

我终于回到了在ggplot外部生成省略号的选项，这真的不是那么难。

library(ggplot2)
library(ellipse)
centroids <- aggregate(cbind(MDS1,MDS2)~Treatment,sc,mean)
conf.rgn  <- do.call(rbind,lapply(unique(sc$Treatment),function(t)
  data.frame(Treatment=as.character(t),
             ellipse(cov(sc[sc$Treatment==t,1:2]),
                     centre=as.matrix(centroids[t,2:3]),
                     level=0.95),
             stringsAsFactors=FALSE)))

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+
  geom_point(size=3)+
  geom_path(data=conf.rgn)+
  ggtitle(paste("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+
  guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))