随机森林重要性 - 在绘图和数据框中的不同％IncMSE

Question

我需要一些帮助来理解R中可用的随机林包中构建的重要性功能。

运行随机林（rf）后，可以使用rf $ important访问重要性。然后返回的数据框包含两个字段：％IncMSE和IncNodePurity。

可以使用随机林包中构建的varImpPlot（）函数绘制它们。但是，绘制的％IncMSE值与使用前面提到的方法（rf $ importance）访问的结果不对应。

让我以一个例子解释问题：

data(mtcars)
rf<-randomForest(mpg~ .,data=mtcars,importance=T,mtry=3)
rf$importance
varImpPlot(rf)

最大％IncMSE值为9.91（disp），但在图上最大值约为14.图中所有其他值和rf $ important访问的值也不同。 （请注意，IncNodePurity没有差异）

有人可以解释一下吗？哪些值是正确的？

Answer 1

正如我在评论中提到的，它们不相同的原因是因为varImpPlot正在使用随机林对象的importanceSD组件绘制缩放值。这可以使用scale的{​​{1}}参数进行控制。