我最近安装了TurboNorm包并尝试使用它。他们提供了一个示例文件来运行样本分析。引用手册。
pspline() - 函数可用于双色标准化 微阵列数据。数据输入是RGList类型的对象 在包裹limma或MarrayRaw类型的对象dened in 包裹marray。 pspline() - 函数识别的类型 object并返回相同类型的规范化对象,即 MAList。
我使用命令
使用包limma读取了我的数据(8个数组)RG <- read.maimages(targets$FileName, source="agilent")
生成的对象是RGList类型,因此包中提供的测试文件。
当我运行命令
时x <- pspline(methylation, showArrays=2, pch=20, col="grey")
它工作正常,但是当我运行时
x <- pspline(RG, showArrays=2, pch=20, col="grey")
它会抛出错误
Error in solve.default(tmp, v) :
system is computationally singular: reciprocal condition number = 9.32764e-19
用于规范化数据的limma包函数似乎工作正常。
谢谢。