Question

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我正在尝试在转换矩阵中对眼睛数据执行chisq.test（），其中每行表示从7个感兴趣区域（AoI）的一个区域到其他每个区域的凝视记录。在这种分析中，从一个AoI到自身的过渡是没有意义的。因此，这些字段包含NA。

我尝试过各种不同的格式，从8列和行的基本表格输入（顶行是标题，左列是“from”），到（来自，来自，，值。）。

我的data.frame看起来像这样：

from <- c("frLS", "frLF", "frRF", "frRS", "frIns", "frEng", "frOthr")
frLS <- c(NA, 77,3, 0, 17, 0, 1)
frLF <- c(18, NA, 14, 1, 56, 2, 9)
frRF <- c(1, 52, NA, 15, 16, 1, 14)
frRS <- c(0, 7, 35, NA, 13, 15, 30)
frIns <- c(3, 54, 2, 1, NA, 4, 37)
frEng <- c(0, 9, 0, 3, 27, NA, 61)
frOthr <- c(2, 60, 2, 5, 27, 4, NA)

aoi.df <- data.frame(from, frLS, frLF, frRF, frRS, frIns, frEng, frOthr)

（请注意，这不是实际数据，而是从Holmqvist等人的眼动追踪教科书中获取的示例数据。）

注意我也尝试过这个矩阵

aoi.matrix <- matrix(c(frLS, frLF, frRF, frRS, frIns, frEng, frOthr), ncol=7)

但我相信问题是NAs不是数据的形式，但如果是这样，我不知道如何处理它。

Answer 1

NA确实是问题所在。错误信息非常明确：

> chisq.test(aoi.matrix)
Error in chisq.test(aoi.matrix) : 
  all entries of 'x' must be nonnegative and finite

如果有意义的话，你需要用NA替换其他内容，比如0。

现在，我不太了解你的问题。但你确定chisq.test是你想要做的吗？这对我没有任何意义。回想一下，您正在测试独立性。但是，如果对角线元素始终为零或NA，则它们不能独立。

Answer 2

好的，这是如何使用NA处理chisq.test。当我问这个问题时，我不知道的一件事是我的矩阵中的NA是所谓的“结构零”。因此，它们不是零，因为“零”是一个计数，也不是数据收集中的一些无法解释的昙花一现。相反，它们来自数据集的结构。在转换矩阵的情况下，我们不允许从对象“A”到其自身的转换，仅允许从其他对象转换。

所有这些都说，事实证明当然有一个R包！我需要向您推荐aylmer文档以获得更详细的解释，但我几乎得到了我希望chi.square会给我的信息：

aylmer.test（aoi.df，alternative =“two.sided”，simulate.p.value = TRUE）

请注意，我确实必须删除“from”名称的第一列，但除此之外一切正常。

chisq.test（）用于凝视点的过渡矩阵

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