使用system（）从MATLAB调用Python：导致导入非标准Python库

Question

test1.py包含：

import sys
print 'ok'

test2.py包含：

import sys
import numpy as np
print 'ok'

python test1.py和python test2.py都可以正常使用。

当我在MATLAB中时，system('python test1.py')工作，而system('python test2.py')无效，并抛出以下错误消息：

>> system('python test2.py')
Traceback (most recent call last):
  File "test.py", line 3, in <module>
    import numpy as np
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 13, in <module>
    from polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 17, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 48, in <module>
    from linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 23, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite
ImportError: /afs/csail.mit.edu/system/common/matlab/2012a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3gf)

完整筹码：

我在使用Python 2.7的Ubuntu 12.04上使用Matlab 2012a x64。任何想法为什么Python从MATLAB调用都无法导入非标准的Python库（这里是Numpy，但我和Scipy有同样的问题）？请注意，我的Windows计算机上的一切正常。

Answer 1

同样的问题是在Ubuntu 14.04 x64上使用Matlab R2013a。

问题是matlab附带了一些自己的库，在这种情况下libgfortran.so.3而不是使用系统库。从我用谷歌搜索它们通常是过时的，numpy需要更新的版本。因此存在问题。

在Ubuntu中，改变库就足够了。不知道怎么在windows上做（我猜它会有点类似），但在Ubuntu中它如下：

首先：转到：

 `cd /usr/local/MATLAB/R2013a/sys/os/glnxa64`

第二次：备份matlab的libgfortran.so.3：

 `sudo mv libgfortran.so.3 libgfortran.so.3.bck`

第三：sym link系统库：

 `sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3`

Answer 2

如果您没有编辑MATLAB目录的权限，例如在MATLAB位于共享驱动器上的情况下，或者您只是想暂时更改MATLAB应调用的库，您可以使用{ {3}}，允许您在任何其他库之前加载文件（通常是库）。

对于这个问题，问题在于，由于Marcin指出NumPy需要一个由MATLAB提供的更新版本的libgfortran.so.3，所以我们需要预加载libgfortran.so.3的系统版本（这应该是最新的，然后使用Numpy）在shell中使用以下命令：

LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 matlab

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如果您想确保NumPy和SciPy的所有功能都在MATLAB中使用，您可以创建包含以下内容的文件good_luck.py：

import numpy
numpy.test('full')

import scipy
scipy.test('full')

然后在MATLAB中用系统调用它：system('python good_luck.py')。

如果您需要预先加载多个文件，这可能会发生，通常使用:来连接它们，例如：

LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.16: matlab

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我仍然希望有一个解决方案可以强制MATLAB调用Python，并为它提供与从shell调用Python相同的环境。手动预加载Python代码所需的库是非常痛苦的，我仍然不明白为什么MATLAB默认强制Python使用其（过时的）库。