Question

我想输入DNA序列并制作某种产生具有一定突变频率的序列的发生器。例如，假设我有DNA链“ATGTCGTCACACACCGCAGATCCGTGTTTGAC”，并且我想创建T-> A频率为5％的突变。我将如何创建这个？我听说我可以使用随机模块，但我不是一个经验丰富的程序员，并且从哪里开始有点困惑。关于我能做什么的任何想法？谢谢。

Answer 1

非常简单：查看字符串，每当找到可能的突变点时，如果随机数表示变异，则进行变异：

import random
def mutate(string, mutation, threshold):
    dna = list(string)
    for index, char in enumerate(dna):
        if char in mutation:
            if random.random() < threshold:
                dna[index] = mutation[char]

    return ''.join(dna)

如果你想成为更好的人，你可以使用列表理解：

import random
def mutate(string, mutation, threshold):
    return ''.join([mutation[char] if random.random() < threshold 
                                       and char in mutation else char
                                       for char in string])

使用随机模块管理DNA突变

1 个答案: