使用R中的haploNet（pegas）识别单倍型之间的突变

Question

我认为这可能是一个简单的问题，但在阅读了pegas文档后我无法解决。我想使用FASTA文件绘制单倍型网络，并确定哪些突变分离出不同的单倍型。

示例：

fa <- read.FASTA("example.fa")
haps <- haplotype(fa)
haps50 <- subset(haps, minfreq = 50)
(network <- haploNet(haps50))

plot(network, size = attr(network, "freq"),show.mutation=1,labels=T)

如何识别我的FASTA文件中的变异位置，例如单倍型XX与V分开？

额外问题： 是否也可以知道，例如，单倍型之一的单倍型序列是什么？例如单倍型V，这是非常频繁的吗？

Answer 1

pegas包中包含一个函数diffHaplo，它指定了单倍型之间的差异。

diffHaplo(haps50, a = "XX", b = "V")

为了提取频繁单倍型V的DNA序列，类haplotype对象中的索引将识别哪个DNA序列包含单倍型。

# haplotype index from its name
i <- which(attr(haps50, "dimnames")[[1]] == "V")
# index of the first sequence with the haplotype
s <- attr(haps50, "index")[[i]][1]

然后可以在对齐fa中识别相应的序列以保存或在屏幕上打印。

write.dna(fa[s], file = "hapV.fas", format = "fasta", nbcol = -1, colsep = "")
paste(unlist(as.character(fa[s])), collapse = "")