Question

我正在使用OS X开发版R

R Under development (unstable) (2014-05-27 r65787)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

使用GNU Fortran（GCC）4.2.3（来自Simon's site）和Xcode的命令行工具的5.1.1版。

从源码构建时，我收到如下错误：

gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
make: gfortran-4.8: No such file or directory

我不知道该怎么做。我可以为我的版本创建一个别名，但我不确定它是否真的需要4.8。

谢谢，

最高

Answer 1

在终端中输入这两行，直接引用：

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

它会为你下载mavericks的gfortran（目前在你的系统中缺失）并将它安装在你的系统中。至少，这为我解决了同样的问题

（我今年晚些时候跑到MacPro，小牛队）。

Answer 2

编辑：我现在认为最好用Homebrew完成：

brew reinstall gcc48 --with-fortran

虽然我认为以下程序可行，但它并不干净。但是，我仍然建议配置〜/ .R / Makevars，如下所述。

为了建立@TheBigMike的答案，我使用以下过程在homebrew旁边安装gfortran-4.8，然后配置R来选择这个fortran编译器。

首先，下载并解压缩gfortran 4.8：

su admin
curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
mkdir /tmp/gfortran
tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /tmp/gfortran

删除干扰自制程序的gfortran文件别名：

rm /tmp/gfortran/usr/local/bin/gfortran

安装gfortran 4.8

cp -r /tmp/gfortran/usr/local/ /usr/local

告诉R使用gfortran 4.8，创建一个名为~/.R/Makevars的文件：

mkdir -p ~/.R
touch ~/.R/Makevars

将以下内容放入~/.R/Makevars：

FLIBS=""
F77="gfortran-4.8"
FC="gfortran-4.8"

现在重新启动R.一旦重新启动R，任何依赖于fortran 4.8的软件包现在都可以运行。自制软件应该不受干扰。

Answer 3

我遇到了同样的问题，尽管在R Studio上。以下对我有用，但是，之后我不得不重新安装所有的R包（注意：重新安装需要一段时间，看起来有点相似，不确定这些是否是适当的步骤，使用风险自负）：

下载最新的R Studio版本，然后在终端中关注： brew install gcc brew update && brew reinstall r brew link --overwrite r

Answer 4

Rcpp FAQ第2.16节对此进行了详细解释。基本上你需要安装gfortran（homebrew install gcc或其他方式），然后修改Makeconf以将FLIBS指向相关的fortran库。

这些步骤对我有用：

通过自制软件安装gcc48
确保gfortran和gfortran-4.8指向新安装的版本。
在FLIBS中评论/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf变量。

第3步是最重要的步骤，因为它设计用于以@TheBigMike建议的方式安装的gfortran，即通过下载和解压缩存档gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2。

Answer 5

以下在OSX High Sierra和RStudio 1.1.423上为我工作：

通过Homebrew安装gcc / gfortran：brew install gcc
修改/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf并将gfortran-4.8的所有实例替换为gfortran
同时将FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2替换为FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/ -lgfortran -lquadmath -lm。
重新尝试安装包。

Answer 6

通过Homebrew安装gcc / gfortran：brew install gcc
确保替换它不是自动完成的：/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf并用gfortran替换gfortran-4.8（或任何数字）的所有实例
将FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm替换为 FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/ -lgfortran -lquadmath -lm
重新安装robustbase库

fpc

Answer 7

遇到了同样的问题，并在R cran站点（https://cran.ism.ac.jp/）中找到了一条语句。在最新的OSX（例如High Sierra）中，未包含一些必需的库，必须安装这些库。该页面用

对此进行了解释。

重要：此版本使用Clang 6.0.0和GNU Fortran 6.1，两者均未使用其中由Apple提供。如果您希望从编译R包来源，则需要下载并安装这些工具-请参阅 tools目录。

我通过应用以下两个软件包here.

解决了该问题（缺少gfortran等）

clang-6.0.0.pkg（OS X 10.11+，带符号，64位） MD5-哈希：c29700c4e7b2914073ef7e741eb105bc （约418Mb）
gfortran-6.1.pkg（OS X 10.11+，带签名，64位） MD5-哈希：201026216e8b373d9cd2efc0cc474bb8 （约73Mb）

Answer 8

更新版本的RStudio（版本0.98.1091）似乎解决了这个问题。

Answer 9

确保将R更新到版本> = 4.0（对于以前的版本，这可能会有所帮助：https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/tools/）

在以下位置下载并安装GNU fortran编译器：https://mac.r-project.org/tools/

请确保将/ usr / local / gfortran / bin添加到PATH，以便使用此编译器。可以做到这一点，例如由

export PATH=$PATH:/usr/local/gfortran/bin

Answer 10

This answer 的

thebigmike 建议：

<块引用>

在终端中输入这两行，直接引用：

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

但是

curl -OL http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2

为我解决问题！

Answer 11

通过homebrew安装gcc会给我gfortran：

brew install gcc

然后：

$which gfortran
/usr/local/bin/gfortran

OS X软件包安装依赖于gfortran-4.8

11 个答案: