使用自定义库路径安装BioPerl

时间:2014-05-22 07:51:23

标签: perl module installation bioperl

我尝试在没有root的情况下在我的电脑上安装新版本的BioPerl,并且因为太旧版本的所需模块而出现错误。所以我将它们安装到自定义目录中。

是否有可能在--install_base旁边设置库参数以进行安装?自述文件和安装说明只是使用cpan为安装提供,这对我来说是不可取的。

感谢

我的尝试:

my $dir=catdir('home','user','my','bioperl');
my $lib=catdir('home','user','my','lib');
push @INC , $lib;
$lib=$lib.':'.$_ for @INC;

1

system("cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

2

system("export EXPATLIBPATH=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

3

system("export PERL5LIB=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

没有超级用户权限是一个常见问题,这就是perlbrew的原因。

\curl -L http://install.perlbrew.pl | bash

然后只需安装cpanminus即可与perlbrew使用Installing to local perl (perlbrew)

curl -L http://cpanmin.us | perl - App::cpanminus

这应该使您能够拥有一个稳定的环境来安装所有模块,包括Bio::Perl。可以执行以下操作,也可以阅读How do I install the latest BioPerl version when using perlbrew?

cpanm Bio::Perl