我尝试在没有root的情况下在我的电脑上安装新版本的BioPerl
,并且因为太旧版本的所需模块而出现错误。所以我将它们安装到自定义目录中。
是否有可能在--install_base旁边设置库参数以进行安装?自述文件和安装说明只是使用cpan
为安装提供,这对我来说是不可取的。
感谢
我的尝试:
my $dir=catdir('home','user','my','bioperl');
my $lib=catdir('home','user','my','lib');
push @INC , $lib;
$lib=$lib.':'.$_ for @INC;
1
system("cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");
2
system("export EXPATLIBPATH=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");
3
system("export PERL5LIB=$lib && cd tools/BioPerl-1.6.923 && perl Build.PL --install_base $dir && ./Build test && ./Build install");
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没有超级用户权限是一个常见问题,这就是perlbrew
的原因。
\curl -L http://install.perlbrew.pl | bash
然后只需安装cpanminus
即可与perlbrew
使用Installing to local perl (perlbrew)
。
curl -L http://cpanmin.us | perl - App::cpanminus
这应该使您能够拥有一个稳定的环境来安装所有模块,包括Bio::Perl
。可以执行以下操作,也可以阅读How do I install the latest BioPerl version when using perlbrew?
cpanm Bio::Perl