Question

我无法通过cpanm安装BioPerl模块。与

sudo cpanm Bio::SeqIO

输出结果显示：

--> Working on Bio::SeqIO
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.922.tar.gz ... OK
Configuring BioPerl-1.006922 ... OK
Building and testing BioPerl-1.006922 ... FAIL
! Installing Bio::SeqIO failed. See /home/administrator/.cpanm/work/1398677477.16274/build.log for details. Retry with --force to force install it.

添加--force时说：

--> Working on Bio::SeqIO
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.922.tar.gz ... OK
Configuring BioPerl-1.006922 ... OK
Building and testing BioPerl-1.006922 ... FAIL
! Testing BioPerl-1.006922 failed but installing it anyway.
Successfully installed BioPerl-1.006922
1 distribution installed

所以我不确定我现在能否正确使用BioPerl？我可以简单地忽略测试失败吗？我已经尝试用

重新安装CPAN

o conf init

在CPAN提示中，但结果是一样的。我正在使用Perl V5.14.2和cpanm -v给我带来：

cpanm (App::cpanminus) 1.6933 on perl 5.014002 built for x86_64-linux-gnu-thread-multi
Work directory is /home/administrator/.cpanm/work/1398677790.16651
You have make /usr/bin/make
You have LWP 6.05
You have /bin/tar: tar (GNU tar) 1.26

我很满意任何帮助，因为我是一个完全是Linux的新手。

Answer 1

BioPerl使用了许多您可能未安装的模块。来自BioPerl INSTALL文件：

请记住，BioPerl和测试中有900多个模块套件运行超过12000个单独的测试，一些失败的测试可能不会影响您对BioPerl的使用

大多数情况下，根据您使用的BioPerl中的模块，您不需要这些额外的模块。我确信BioPerl已在您的系统上正确安装。我会通过http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginners来学习BioPerl。如果您在HOWTO中运行这些基本代码时出错，请重新发布另一个问题。

祝你好运，

保

无法安装Bioperl模块（正确吗？）

1 个答案: