Question

我有一个带有测量直接数据的Nexus文件（foo.nxs），我希望用pandas打开它。但是，当我尝试典型的

时

HDFStore('foo.nxs') or read_hdf('foo.nxs','/group')

它只返回一个空的商店：

<class 'pandas.io.pytables.HDFStore'>
File path: /foo.nxs
Empty

或TypeError：

TypeError: cannot create a storer if the object is not existing nor a value are passed

文档页面中的所有示例都首先创建一个hdf文件，在其中存储数据然后检索它，但这是从相同的pandas完成的。我想知道是否可以读取以前没有用pandas生成的hdf文件。

根据@Jeff的要求，这是ptdump输出的一部分：

/ (RootGroup) ''
  /._v_attrs (AttributeSet), 4 attributes:
    [HDF5_Version := '1.8.11',
    NeXus_version := '4.3.0',
    file_name := '/Messdaten/C9/20140423/messung_21h14m01.197.nxs',
    file_time := '2014-04-23T21:14:01+01:00']
/exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001 (Group) ''
  /exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001._v_attrs (AttributeSet), 1 attributes:
   [NX_class := 'NXentry']
/exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data (Group) ''
  /exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data._v_attrs (AttributeSet), 1 attributes:
   [NX_class := 'NXdata']
/exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data/actuator_1_1 (CArray(5, 121), zlib(6)) ''
  atom := Float64Atom(shape=(), dflt=0.0)
  maindim := 0
  flavor := 'numpy'
  byteorder := 'little'
  chunkshape := (5, 121)

Answer 1

你有一个普通的香草PyTables商店。所以这些实际上非常容易阅读（并且不需要pandas），但这将向您展示如何阅读它们（作为numpy数组）。

with pd.get_store('test.h5') as store:
     data = store.root.exp_root.Kerr.DoublePulse2D.SuperDuperScan_V2_00001/scan_data/actuator_1_1.read()

文档是here。

这只是抓取PyTables根节点并读取数据。这是CArray格式，是一个简单的数组。

HDFStore将能够读取普通的PyTables Table对象（不包含元数据），但只需读取数组即可。

如何用python pandas打开一个nxs文件？

1 个答案: