是什么影响使用并行包创建集群的时间？

Question

使用parallel包创建群集时，我遇到了缓慢的问题。

这是一个只创建然后停止具有n个节点的PSOCK群集的函数。

library(parallel)
library(microbenchmark)
f <- function(n)
{
  cl <- makeCluster(n)
  on.exit(stopCluster(cl))
}
microbenchmark(f(2), f(4), times = 10)
## Unit: seconds
##  expr      min       lq   median       uq      max neval
##  f(2) 4.095315 4.103224 4.206586 5.080307 5.991463    10
##  f(4) 8.150088 8.179489 8.391088 8.822470 9.226745    10   

我的机器（运行Win 7 Pro的相当现代的4核工作站）创建一个双节点集群大约需要4秒钟，创建一个四节点集群需要8秒钟。这让我觉得太慢，所以我在同事的同一台机器上尝试了相同的分析，两次测试分别花了一两秒钟。

这表示我可能在我的机器上设置了一些奇怪的配置，或者存在其他一些问题。我阅读了?makeCluster和socketConnection帮助页面，但没有看到任何与提高性能相关的内容。

在代码运行时，我查看了Windows任务管理器：没有明显的干扰反病毒或其他软件，只是一个Rscript进程运行在~17％（少于一个核心）。

我不知道在哪里找到问题的根源。在Windows下创建PSOCK群集是否有任何已知的缓慢原因？

创建4节点集群8秒实际上是否很慢（按2014标准），还是我的期望值太高？

Answer 1

为了监控发生的事情，我安装并打开了Process Monitor（HT @qethanm）。我也退出系统托盘中的大部分内容，如Dropbox，以减少噪音。 （虽然最后，这并没有什么不同。）

然后我直接从R GUI（而不是IDE）重新运行问题中的R代码的简化版本。

microbenchmark(f(4), times = 5)

经过一番挖掘后，我注意到R GUI为它创建的每个集群产生了一个Rscript进程（见图）。

在经历了许多死胡同和疯狂追逐之后，我发现也许这些Rscript实例不是香草R.我重命名了我的Rprofile.site文件以隐藏它并重复基准。

这一次，平均在不到一秒的时间内创建了一个4节点集群。

对于四节点群集，Rprofile.site文件（可能是个人启动文件，~/.Rprofile（如果存在）会被读取四次，这会大大减慢速度。将rscript_args = c("--no-init-file", "--no-site-file", "--no-environ")传递给makeCluster以避免此行为。