Question

在R中，我有一个矩阵列表，并希望将汇总函数应用于列表中的矩阵。矩阵代表社交网络，因此我需要应用ergm包提供的一些专门的汇总函数。这些摘要统计信息包含在摘要方法中。我可以编写一个函数作为这个汇总方法的包装器，并使用lapply将函数应用于矩阵列表。

但是，当我尝试使用parLapply包中的parSapply或parallel进行并行处理时，结果看起来很奇怪。当我导出summary.statistics函数时，我甚至会收到错误消息。

我是否必须将ergm包提供的摘要方法导出到群集对象？如果是这样，怎么样？以下代码是一个独立的示例。

library("ergm")
library("parallel")

# create list of matrices
m <- matrix(rbinom(900, 1, 0.1), nrow = 30)
l <- list(m, m, m, m, m)

# write wrapper function that computes results
fun <- function(mat) {
  s <- summary(mat ~ edges + dsp(1))
  return(s)
}

cl <- makePSOCKcluster(2)  # create cluster object

test1 <- sapply(l, fun)  # works!
test2 <- parSapply(cl, l, fun)  # problem: results look weird!

clusterExport(cl, varlist = "summary.statistics")
test3 <- parSapply(cl, l, fun)  # problem: says method is not applicable!

Answer 1

您应该使用类似以下内容的方式在工作程序中加载包，而不是导出包中定义的函数。

clusterEvalQ(cl, library("ergm"))

您应该始终加载worker函数所需的所有软件包，因为它们不会因为软件包已由主服务器加载而自动加载。

R：如何将包提供的方法导出到PSOCK群集？

1 个答案: