Question

我想用R.计算python中的p值。我正在使用这个包rpy2.我正在生成count_a和count_b，并计算p值。当我运行我的脚本时，python意外关闭，并收到此错误消息：

＆＃34;错误：＆＃39; rho＆＃39;必须是非NULL的环境：在C级eval中检测到在启动期间 - 警告消息：

中止陷阱：6＆＃34;

数据如下：

 count_a  count_b

 94       107
 109      92
 90       89
 18       13

以下是我的代码：

import rpy2.robjects as R
out= open(args.outfile, 'w')
binom=R.r['binom.test'](c(count_a,count_b))
P_val=binom['p.value'][0][0]
out.write(str(count_a) + '\t' + str(count_b) + '\t' + str(P_val)
out.close()

在一对值上计算python中p值的任何建议或选项？

计算二进制对象：

Exact binomial test

数据：c（94L，107L）成功次数= 94，试验次数= 201，p值= 0.3974
备选假设：真正的成功概率不等于0.5 95％置信区间： 0.3971286 0.5391627
样本估计：
成功的概率
0.4676617

然而，在提取p值时，我收到此错误：

文件＆＃34; /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/vectors.py" ;,第233行， getitem res = super（矢量，自我）。 getitem （i） TypeError：＆＃39; str＆＃39;对象不能被解释为索引

Answer 1

从this thread看来早期版本的rpy2和R 3.0.2可能存在问题。看起来R 3.0.2的推荐版本至少是rpy2-2.3.8。

Answer 2

The problem was binom.names is a  StrVector, and does not support index, however it can be     converted to a Python list easily enough,and then extract those values.

    my_vec = R.IntVector([count_a,count_b])
    binom=R.r['binom.test'](my_vec)
    names= binom.names
    names = list(names)
    P_val= binom[names.index('p.value')][0]

如需更多说明，请访问此博客http://telliott99.blogspot.com/2010/11/rpy-r-from-python-2.html

使用R计算python中的p值

2 个答案: