Question

我想创建一个读取文件的循环。我试过了paste0，但它没有用。我想对k = 1的文件执行上述命令，直到k = 10。

{for(k in 1:29){
    exprs.file <- paste0("LRRadjustedextremes0.5kgchr",k,".txt")
    eset <- read.eset(exprs.file="/home/proj/MT_Nellore/R/eBrowser/Adjusted/exprs.file")
    }}

干杯

Answer 1

一种有效的方法是生成带有文件名的向量，并使用lapply将其读入列表：

# Read listed files
k <- 1:29
path <- '/home/proj/MT_Nellore/R/eBrowser/Adjusted/'
files <- paste0(path, 'LRRadjustedextremes0.5kgchr', k, '.txt')
eset <- lapply(X=files, FUN=read.eset)

如果文件夹中有文件并且想要全部阅读，那么这也适用：

path <- '/home/proj/MT_Nellore/R/eBrowser/Adjusted/'
files <- list.files(path=path, pattern='.txt')
eset <- lapply(X=files, FUN=read.eset)

此外，如果您的文件太大而无法放入内存，请考虑一次加载一个文件并仅提取您需要的信息：

files <- list.files(path=path, pattern='.txt')
data <- lapply(X=files, FUN=function(file)
               {
                 tmp <- read.eset(file)
                 return(tmp$expr)
               })

如何读取R中的多个文件

1 个答案: