Question

我在CentOS 6.5上从源代码构建numpy，没有root访问权限（python -V = 2.7.6）。我有来自git的最新numpy源代码。我不能因为我的生活而得到numpy承认atlas libs。我有：

ls -1 /usr/lib64/atlas

libatlas.so.3
libatlas.so.3.0
libcblas.so.3
libcblas.so.3.0
libclapack.so.3
libclapack.so.3.0
libf77blas.so.3
libf77blas.so.3.0
liblapack.so.3
liblapack.so.3.0
libptcblas.so.3
libptcblas.so.3.0
libptf77blas.so.3
libptf77blas.so.3.0

我不知道这些lib是如何产生的，但我只能假设atlas版本比我可以制作的任何标准BLAS / LAPACK版本更快。

将numpy指向这些库的正确方法是什么？我export ATLAS, BLAS, LAPACK=...将每个设置为相应的路径吗？或者我编辑site.cfg文件以包含以下内容：

[default]
library_dirs = /usr/lib64/atlas

[atlas]
library_dirs = /usr/lib64/atlas
atlas_libs = lapack, cblas, f77blas, atlas

我已经尝试了上述的每个变体，每次运行python setup.py config时，它告诉我在我指定的路径中找不到每个库以及一堆其他默认搜索路径。我已将python setup.py config与site.cfg一起运行的结果粘贴在上面，并且此处未设置任何环境变量：http://pastebin.com/EL9CfaR7。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

好的，这非常简单，基本上遵循安装准则。我想这对于共享库之后的编号比关于numpy或atlas更多的问题。无论如何，我只需要创建一些符号链接：

ln -s /usr/lib64/atlas/___.so.3.0 $HOME/local/lib/___.so

然后删除了site.cfg中的所有配置并更新了我的.bashrc：

export ATLAS=$HOME/local/lib/libatlas.so
export BLAS=$HOME/local/lib/libptf77blas.so
export LAPACK=$HOME/local/lib/liblapack.so

运行python setup.py install后，我很高兴：

>>> import numpy.distutils.system_info as si
>>> si.get_info('atlas')
    ATLAS version 3.8.4 built by mockbuild on Wed Mar 21 01:43:44 GMT 2012:
   UNAME    : Linux c6b6.bsys.dev.centos.org 2.6.32-44.2.el6.x86_64 #1 SMP Wed Jul 21 12:48:32 EDT 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
   INSTFLG  : -1 0 -a 1
   ARCHDEFS : -DATL_OS_Linux -DATL_ARCH_PII -DATL_CPUMHZ=2261 -DATL_SSE2 -DATL_SSE1 -DATL_USE64BITS -DATL_GAS_x8664
   F2CDEFS  : -DAdd_ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle
   CACHEEDGE: 163840
   F77      : gfortran, version GNU Fortran (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   F77FLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
   SMC      : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   SMCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
   SKC      : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   SKCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
{'libraries': ['lapack', 'f77blas', 'cblas', 'atlas'], 'library_dirs': ['~/local/lib'], 'define_macros': [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')], 'language': 'f77'}

正确的方式指向ATLAS / BLAS / LAPACK库进行numpy构建？

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