Question

我正在构建一个具有类变量字典的模块：

class CodonUsageTable:
        CODON_DICT={'TTT': 0, 'TTC': 0, 'TTA': 0, 'TTG': 0, 'CTT': 0,
        'CTC': 0, 'CTA': 0, 'CTG': 0, 'ATT': 0, 'ATC': 0,
        'ATA': 0, 'ATG': 0, 'GTT': 0, 'GTC': 0, 'GTA': 0,
        'GTG': 0, 'TAT': 0, 'TAC': 0, 'TAA': 0, 'TAG': 0,
        'CAT': 0, 'CAC': 0, 'CAA': 0, 'CAG': 0, 'AAT': 0,
        'AAC': 0, 'AAA': 0, 'AAG': 0, 'GAT': 0, 'GAC': 0,
        'GAA': 0, 'GAG': 0, 'TCT': 0, 'TCC': 0, 'TCA': 0,
        'TCG': 0, 'CCT': 0, 'CCC': 0, 'CCA': 0, 'CCG': 0,
        'ACT': 0, 'ACC': 0, 'ACA': 0, 'ACG': 0, 'GCT': 0,
        'GCC': 0, 'GCA': 0, 'GCG': 0, 'TGT': 0, 'TGC': 0,
        'TGA': 0, 'TGG': 0, 'CGT': 0, 'CGC': 0, 'CGA': 0,
        'CGG': 0, 'AGT': 0, 'AGC': 0, 'AGA': 0, 'AGG': 0,

#Other code

        def __init__(self,seqobj):
                '''Creates codon table for a given Bio.seq object.i
                The only argument is Bio.Seq object with DNA
                Currently assumes seq to be DNA, RNA support to be added later'''
                dnaseq=str(seqobj)
                self.usage_table=CodonUsageTable.CODON_DICT.deepcopy()#instance of table

最后一行必须复制一个类字典以在其中存储实例数据，但它会抛出

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "./codon_usage.py", line 47, in __init__
    self.usage_table=CodonUsageTable.CODON_DICT.deepcopy()#instance of codon usage table
NameError: global name 'CODON_DICT' is not defined

从self.CODON_DICT调用CODON_DICT，codon_usage.CodonUsageTable.CODON_DICT或__init__时也是如此。字典定义如下：

>>>import codon_usage
>>> codon_usage.CodonUsageTable.CODON_DICT
{'GCT': 0, 'GGA': 0, 'TTA': 0, 'GAT': 0, 'TTC': 0, 'TTG': 0, 'AGT': 0, 'GCG': 0, 'AGG': 0, 'GCC': 0, 'CGA': 0, 'GCA': 0, 'GGC': 0, 'GAG': 0, 'GAA': 0, 'TTT': 0, 'GAC': 0, 'TAT': 0, 'CGC': 0, 'TGT': 0, 'TCA': 0, 'GGG': 0, 'TCC': 0, 'ACG': 0, 'TCG': 0, 'TAG': 0, 'TAC': 0, 'TAA': 0, 'ACA': 0, 'TGG': 0, 'TCT': 0, 'TGA': 0, 'TGC': 0, 'CTG': 0, 'CTC': 0, 'CTA': 0, 'ATG': 0, 'ATA': 0, 'ATC': 0, 'AGA': 0, 'CTT': 0, 'ATT': 0, 'GGT': 0, 'AGC': 0, 'ACT': 0, 'CGT': 0, 'GTT': 0, 'CCT': 0, 'AAG': 0, 'CGG': 0, 'AAC': 0, 'CAT': 0, 'AAA': 0, 'CCC': 0, 'GTC': 0, 'CCA': 0, 'GTA': 0, 'CCG': 0, 'GTG': 0, 'ACC': 0, 'CAA': 0, 'CAC': 0, 'AAT': 0, 'CAG': 0}        'GGT': 0, 'GGC': 0, 'GGA': 0, 'GGG': 0}

Answer 1

症状暗示这个故事是这样的：

您编写了该文件并将其保存;
你运行了Python shell;
您发现CODON_DICT无法像这样被访问并修复了它;
你在同一个Python shell中再次尝试了这个调用并得到了这个错误。

这是因为Python仍在使用导入过程中加载的旧版本模块。虽然它显示了新文件中的行，但由于它在内存中的所有内容都是带有元数据的字节码，并且在发生错误时必须引用磁盘。如果要在不重新启动shell的情况下选择最新更改，请运行：

>>> reload(codon_usage)

再试一次。

（旁注：dict没有方法deepcopy，该功能来自模块copy。dict.copy就足够了。

Python中的类常量字典

1 个答案: