Question

我需要有一个图表，我应该在x轴上有探针id和位置，在y轴上有p值。

ProbeId        Position P-values
382062871   39487   0.001
363644817   61749   0.001
363644421   62233   0.001
23567225    77477   0.385320006
23567242    77893   0.005
44733243    85746   0.49538903
31565337    88022   0.001
342504476   88873   0.447279715
34250450    89299   0.005
34250450    89300   0.02
15730557    89601   0.001
157305176   89482   0.001
37405140    89895   0.001
3843741143  90199   0.001
24558746    120285  0.001
106768141   121095  0.001
156111167   121830  0.001
343446115   125693  0.001
34344634    125852  0.001
350444118   126921  0.001

Answer 1

如果我理解你想要做什么，你可以使用探针的“数字”作为你的x轴，把p值作为y轴，用探针ID标记探针:(让我们为你的数据命名“数据”）

plot(1:20,data[,"P-values"],xaxt="none",las=1,xlab="Probe ID",ylab="p-value")
axis(1,at=1:20,labels=data[,"ProbeID"])

或绘制实际的探测位置（但由于探测器之间的空间，这可能最终形成真正“有趣”的情节......）并且还使用probeID标记探针：

plot(data[,"Position"],data[,"P-values"],xaxt="none",las=1,xlab="Probe ID",ylab="p-value")
axis(1,at=data[,"Position"],labels=data[,"ProbeID"])

由于探针ID非常大，您可能想要旋转标签，然后您必须使用函数文本而不是轴。

针对探针和位置的图

1 个答案: