Question

通常，如果我必须在多个文件之间执行重叠，我只需执行：

python -c 'import sys;print "".join(sorted(set.intersection(*[set(open(a).readlines()) for a in sys.argv[1:]])))' File1 File2 File3 File4 ....

但如果我必须通过解析器，我该怎么办呢？

一个简短的例子就足够了这个脚本，之后我就可以玩了。实际上我希望用户给出两个输入：要在其上执行ioperation的文件以及此处的操作是交叉。

请帮助，而不是投票结束。

我想我必须展示我在做什么，这是一个例子：

usage = "Usage: %prog -i <file1>[,<file2>,...] -o <out> -ops "
version = "%prog " + str(VERSION)
parser = OptionParser(version=version, usage=usage)
group1 = OptionGroup(parser, 'Optional')

parser.add_option("-i", 
                  dest="featurefile", 
                  help="Gene list", 
                  metavar="FILE")
parser.add_option("-o", 
                  dest="outfile", 
                  help="output file (type determined by extension)", 
                  metavar="FILE")
# Optional arguments
group1.add_option("--op", 
                  dest="operation", 
                  help="Intersection, Union & Uniques (default Intersection)", 
                  default=None,
                  type="string")

parser.add_option_group(group1)
(options, args) = parser.parse_args()

现在这个集合是解析器的东西（完成），现在第二步是获取操作（交集）和文件并执行它们。在这一步，我迷失了。

谢谢

Answer 1

由于您使用的是Python 2.7，请使用argparse模块而不是旧版optparse：

import argparse
import itertools as IT

VERSION = 0.1

version = "%(prog)s " + str(VERSION)
operation = {
    'intersection': set.intersection,
    'union': set.union,
    'uniques': set.difference}

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--version', action='version', version=version)
parser.add_argument('-i', '--featurefiles', nargs='+', help='Gene list',
                    metavar='FILE')
parser.add_argument('-o', '--outfile', help="output file (type determined by extension)",
                    metavar='FILE')
parser.add_argument('--op', dest="operation", 
                    help="Intersection, Union & Uniques (default Intersection)",
                    default='intersection',
                    # can't use type=operation.get. See http://bugs.python.org/issue16516
                    type=lambda x: operation[x])  

args = parser.parse_args()
print(args)

if args.outfile:
    with open(args.outfile, 'w') as f:
        for group_size in (len(args.featurefiles), 2):
            for group in IT.combinations(args.featurefiles, group_size): 
                result = ''.join(sorted(reduce(
                    args.operation,
                    (set(open(filename))
                     for filename in group))))
                f.write('{g}:\n{r}\n'.format(g=str(group), r=result))

您可以通过CLI调用脚本，如下所示：

script.py -i file1 file2 file3 --op uniques -o /tmp/out

对上述工具的引用：

如何在我的python脚本中使用解析器

1 个答案: