绘制大量的networkx图：数组太大了

Question

我正在尝试绘制带有加权边的网络图，但是现在我遇到了一些困难。

正如标题所示，这张图非常庞大：

节点数：103362 边数：1419671

当我尝试使用以下代码绘制此图表时：

pos = nx.spring_layout(G)
nx.draw(G, node_color='#A0CBE2',edge_color='#BB0000',width=2,edge_cmap=plt.cm.Blues,with_labels=False)
plt.savefig("edge_colormap.png") # save as png
plt.show() # display

（这只是我测试功能，而不是我想要的最终结果）。我收到错误：

ValueError：数组太大了。

它是从spring_layout算法触发的。知道是什么导致了这个吗？即使我使用不同的pos算法我也会得到相同的错误，我怎么能避免它（如果可以的话）？

另一方面，我想根据重量为边缘着色。你可以看到有很多边缘，可能还有很多权重，最好的方法是什么？

感谢您的耐心等待。

编辑来自我的评论：

我正在尝试调查我的数据密度。基本上我正在看50,000个比赛，每个比赛包含10个玩家，每当两个玩家在一个游戏中相遇时，我会对它们之间的边缘重量+1。我的想法是，我的最终结果将向我展示我的数据集的强度。在我看来，我希望中心最重的边缘，当我们从中心移出时，数据的连接密度较小。

Answer 1

问题在于spring_layout方法。有了这么多节点，需要一段时间才能计算出所有节点相对于彼此的位置。有了这么多节点，我建议你自己搞清楚x，y位置或者绘制更小的子图。 （＆lt; 5000节点或你的计算机可能有点迟钝了。

这是来自erdos_renyi_graph（随机选择的边）的1000个节点的样子。

它拉出2个节点以突出显示。

接下来是1500的样子 它有一点细节。现在有7-8个有趣的节点。

在图表上有如此多的边缘和如此多的节点，没有多少东西可以获得。如果您不喜欢输出会发生什么，您需要重新运行它。

要获得每个节点的x，y位置，请查看此内容。 in NetworkX show graph with nodes at exact (x,y) position. Result is rotated