Question

我有一个gml个文件（~20mb），有90.000个节点和200.000个边。对于每个节点，有一个id和label，它是12个字符的字符串。我想用networkx打开此图表但返回：

Traceback (most recent call last):
  File "myfile.py", line 166, in <module>
    G = nx.read_gml('mygraph.gml', relabel = True)
  File "<string>", line 2, in read_gml
  File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\utils\decorators.py", line 263, i
n _open_file
    result = func(*new_args, **kwargs)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\readwrite\gml.py", line 85, in re
ad_gml
    G=parse_gml(lines,relabel=relabel)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\readwrite\gml.py", line 173, in p
arse_gml
    G.add_edge(source,target,attr_dict=vdict)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\classes\multigraph.py", line 261,
 in add_edge
    keydict={key:datadict}
MemoryError

这是因为这些内存不多吗？你能不能请某人提出建议？

Answer 1

试试read_gml('mygraph.gml', relabel = False)。如果再次出现内存错误，那么您将确保networkx.read_gml函数不能应用于超过90.000个节点和200.000个边缘的GML文件。

替代方案可以graph-tool，尝试。

打开big gml时出现内存错误

1 个答案: