我将Phylo的newick树转换为networkx图。树是扎根的,因此它是DiGraph。
langTree = Phylo.read('output/world-NWPV-languageTreeForSample-TDist.nwk', 'newick')
#print langTree
langTree.rooted = True
langNet = Phylo.to_networkx(langTree)
return langNet
我使用一种简单的方法来绘制图形。
langNet = networkx.DiGraph()
langNet = createLTGraph()
pos = networkx.graphviz_layout(langNet, prog='dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".5" -
Nheight=".5" -Nmargin=0 -Gfontsize=8')
networkx.draw(langNet, pos)
A = networkx.to_agraph(langNet)
A.layout('dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".5" -Nheight=".5" -Nmargin=0
-Gfontsize=8')
A.draw('test2.png')
plt.show()
我得到的结果是:
我真正想要的是这样的:
我认为可以使用布局部分中的属性更改输出结束的角度。但我无法弄清楚该怎么做。 有可能改变角度吗?
谢谢, 中号