Question

最初我运行了shell脚本并将输出定向到一个文件中，然后使用Perl读取文件并解析它。我想将这两个步骤放在一个Perl脚本中。

我试着写这样的东西：

my $in = 'file.txt';
my $read = qx(samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}');

open (IN,"<",$read) || die "cannot open $read: $!";

我收到错误消息，无法打开$ in，并且qx（）命令的结果已在屏幕上打印出来。

我无法理解为什么这不起作用以及如何使其发挥作用..

编辑：

来自开放行的错误是：

File name too long

Answer 1

shell命令生成的字符串可能在末尾包含换行符。通过chomp

删除它

chomp $in;

另外，请使用文件句柄的常规变量：

open my $fh, "<", $in or die qq(Can't open "$in": $!);

Answer 2

您的代码将读取您运行的shell命令的输出，并将该输出（写入STDOUT的任何内容）存储在$in中。

我怀疑shell命令会在您尝试在其中使用$in时正确运行，并且可能未定义。

如果您在脚本顶部use strict;，则可以发现此信息。

my $in = qx(samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}');

// No need to open anything here, just inspect $in

我不熟悉'samtools'，但您可能需要修复shell命令并使用正确的内容而不是$in中的view -S $in

修改：

好的，你说你的shell命令会写入一个文件，然后你想要读取它。我误解了！

我上面所说的仍然是正确的，但为了更充分地解决你的问题，你需要做这样的事情：

my $in = 'file.txt'; my $cmd_output = qx(samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}'); open my $fh, '<', $in or die "ERROR: Couldn't open $in for reading: $!";

2ND EDIT ，在评论中回答问题：

为了逐行解析输出，你可以这样做：

foreach my $line (split /\n/, $cmd_output) { // Do something with $line }

说实话，你甚至可以在shell上用以下方法更容易地做到这一点：

$ samtools view -S $in |cut -f 3|sort|uniq -c|awk '{OFS="\t";print \$2,\$1}' | perl -lne '... do something with $_ ...'

无法从变量打开文件句柄

2 个答案: