Question

我有数据显示动物何时来到测量站。 example csv file here前几行数据如下所示：

Site_ID   DateTime            HourOfDay MinTemp LunarPhase       Habitat
F1        6/12/2013 14:01:00  14             -1       0           river
F1        6/12/2013 14:23:00  14             -1       0           river
F2        6/13/2013 1:21:00   1               3       1           upland
F2        6/14/2013 1:33:00   1               4       2           upland
F3        6/14/2013 1:48:00   1               4       2           river
F3        6/15/2013 11:08:00  11              0       0           river

我想在R中执行循环线性回归以确定峰值活动时间。因变量可以是DateTime或HourOfDay，以较容易的为准。我想将协变量Site_ID（随机效应），加上MinTemp，LunarPhase和Habitat合并到混合效果模型中。

我已尝试使用程序循环的lm.circular函数，并具有以下代码：

data<-read.csv("StackOverflowExampleData.csv")
data$DateTime<-as.POSIXct(as.character(data$DateTime), format = "%m/%d/%Y %H:%M:%S") 
data$LunarPhase<-as.factor(data$LunarPhase)
str(data)

library(circular)

y<-data$DateTime
y<-circular(y, units ="hours",template = "clock24",rotation = "clock")
x<-data[,c(1,4,5,6)]
lm.circular(y=y, x=x, init=c(1,1,1,1), type='c-l', verbose=TRUE)

我一直收到错误：

Error in Ops.POSIXt(x, 12) : '/' not defined for "POSIXt" objects

显然这是一个已知的错误，但我对this threat about it感到困惑，无法确定适当的解决方法。建议？

此外，我对这些数据的最终目标是运行glm的循环线性版本，然后使用AIC或其他一些信息理论方法相互测试几个模型。我正在寻找的模型将是这样的循环线性版本：

glmer(HourOfDay~MinTemp+LunarPhase+Habitat+(1|Site_ID),family=binomial,data=data)

也许这是圆形包装的不恰当应用。如果是这样，我愿意接受使用数据和协变量调查峰值活动的模型和/或图形的其他建议。

注意：我确实搜索了相关的讨论并找到this somewhat relevant thread，但它从未得到回答，没有在R中请求解决方案，并且范围不同。

Answer 1

具体问题是由conversion.circular引起的。在那里，POSIXlt对象除以12.这是一个具有未定义结果的操作：

> as.POSIXlt('2005-07-16') / 2
Error in Ops.POSIXt(as.POSIXlt("2005-07-16"), 2) : 
  '/' not defined for "POSIXt" objects

因此，您似乎无法使用此类的数据作为circular包的输入。我在示例中找不到POSIXlt数据的任何提及。也许您需要将时间戳简单地指定为数字，而不是POSIXlt对象。

R中协变量的循环线性回归

1 个答案: