如何使用相关矩阵作为R中princomp()的输入

时间:2014-03-29 02:07:45

标签: r pca princomp

我有一个表示大数据集的相关矩阵的数据框:

> data
   V1    V2    V3    V4    V5    V6    V7    V8
1 1.000 0.846 0.805 0.859 0.473 0.398 0.301 0.382
2 0.846 1.000 0.881 0.826 0.376 0.326 0.277 0.415
3 0.805 0.881 1.000 0.801 0.380 0.319 0.237 0.345
4 0.859 0.826 0.801 1.000 0.436 0.329 0.327 0.365
5 0.473 0.376 0.380 0.436 1.000 0.762 0.730 0.629
6 0.398 0.326 0.319 0.329 0.762 1.000 0.583 0.577
7 0.301 0.277 0.237 0.327 0.730 0.583 1.000 0.539
8 0.382 0.415 0.345 0.365 0.629 0.577 0.539 1.000

我想使用{stats}中的princomp()进行主成分分析 我试着阅读可用的文档,并得到了:

myPCA <- princomp(~V1+V2+V3+V4+V5+V6+V7+V8, data=data, covmat=data)

但这与我离开最后一个论点时没有什么不同。 请告知使用princomp()参数的正确方法。

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您可能想尝试使用principal包下的psych功能。 https://personality-project.org/r/html/principal.html

以下摘自http://www.statmethods.net/advstats/factor.html

 # Principal Axis Factor Analysis
 library(psych)
 fit <- principal(mydata, nfactors=5, rotate="varimax")
 fit # print results

mydata可以是原始数据矩阵或协方差矩阵。

答案 1 :(得分:1)

您可以考虑使用eigen函数,它将生成相关矩阵的特征值(相当于princomp生成的sdevs的平方)以及特征向量(相当于princomp生成的加载量) )。

电话会是:

myPCA <- eigen(data)
myPCA$values
myPCA$vectors