Question

从磁盘加载外部图形作为边缘列表后，我想查看该图形的矩阵格式。这是我的步骤：

> rm(list=ls())
> data <- read.graph("c:\\temp\\graph.txt", format="edgelist")
> adjm <- data.matrix(data)
> adjm
IGRAPH D--- 18 28 -- 
> 

> get.incidence(data)
Error in get.incidence(data) : 
  Not a bipartite graph, supply `types' argument

矩阵不打印。外部图的数据格式如（graph.txt）：

如您所见，它只打印图形信息（节点数，直接或非直接）。如何将此图形打印为关联矩阵？或者如何为入射指令提供类型？谢谢

Answer 1

igraph函数使这非常简单。

g <- graph.ring(10)
g

IGRAPH U--- 10 10 -- Ring graph
+ attr: name (g/c), mutual (g/x), circular (g/x)

get.adjacency(g)

10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

 [1,] . 1 . . . . . . . 1
 [2,] 1 . 1 . . . . . . .
 [3,] . 1 . 1 . . . . . .
 [4,] . . 1 . 1 . . . . .
 [5,] . . . 1 . 1 . . . .
 [6,] . . . . 1 . 1 . . .
 [7,] . . . . . 1 . 1 . .
 [8,] . . . . . . 1 . 1 .
 [9,] . . . . . . . 1 . 1
[10,] 1 . . . . . . . 1 .

如果您希望将get.adjacency强制转换为二进制文件as.matrix，请matrix。

Answer 2

如果您有一个2列矩阵M，那么我们可以创建一个0的方阵，并在连接的节点上用1填充

M <- M + 1
adj <- matrix(0, max(M), max(M))
adj[M] <- 1

Answer 3

用法

get.incidence(your_graph, types = NULL, ......)

types：要使用的可选顶点类型向量而不是类型顶点属性。如果图表没有，则必须提供此参数类型顶点属性

让我们将数据框称为＆＃34; your_data_frame＆＃34;和你的图表为＆＃34; your_graph＆＃34;

您创建的图表看起来没有指定类型。它看起来像下面

> your_graph
IGRAPH DN-- 65 333 -- 
+ attr: name (v/c)
+ edges (vertex names):

将类型指定为二分的图表看起来像

> your_graph
IGRAPH DN-B 92 22325 -- 
+ attr: name (v/c), type (v/l)
+ edges (vertex names):

DN-B中的B代表二分

要指定类型，请执行以下操作

V(your_graph)$type = V(your_graph)$name %in% your_data_frame[,1]

注意：your_data_frame应该只有两列。如果不使用快速索引，如df [c（1,2）]

执行这些步骤后，您可以检查your_graph，现在应该指定类型

然后您可以继续使用

创建关联矩阵

如何用R语言打印图形矩阵

3 个答案: