Question

我使用R从文件中选择前2列，并使用函数“table”从中创建矩阵，然后将其打印到文件中。问题是标题向左移动了1个单元格。

输入文件是：

ExoT    ID3 99.64   1374    5   0   1   1374    15428   16801   0.0 2510
ExoT    ID2 99.64   1374    5   0   1   1374    11168   12541   0.0 2510
ExoT    ID1 99.64   1374    5   0   1   1374    11942   13315   0.0 2510
ExoU    ID3 100.00  2064    0   0   1   2064    1144684 1146747 0.0 3812
ExoU    ID2 100.00  2064    0   0   1   2064    1245564 1247627 0.0 3812
ExoU    ID1 100.00  2064    0   0   1   2064    1156352 1158415 0.0 3812
ExoS    ID1 100.00  2064    0   0   1   2064    1156352 1158415 0.0 3812

所需的输出是：

        ID1 ID2 ID3
  ExoS   1   0   0
  ExoT   1   1   1
  ExoU   1   1   1

实际输出是：

  ID1 ID2 ID3
  ExoS   1   0   0
  ExoT   1   1   1
  ExoU   1   1   1

似乎在开始时缺少一个tabb！

我的代码是：

args <- commandArgs(TRUE)
blast_file <- read.table(args[1])
selected <- subset(blast_file, select = c(V1, V2))
table (selected)
final <- table (selected)
write.table(final,file=args[2],sep="\t")

任何想法？

Answer 1

要保留row.names和col.names并首先使用标签，您可以分两步导出文件：

首先：

write.table(c("",colnames(final)),file=args[2],sep="\t")

然后：

write.table(final,file=args[2],sep="\t",col.names=F,append=T,row.names=T)

将R中的矩阵打印到文件中

1 个答案: