Question

我有centerResidueList = [100, 140, 170, 53]中保存的残留数字列表，我试图从这组残留物中获取所有相邻残留物。
目前我正在使用下面的脚本，我处理整个PDB文件并生成距离为10.0的原子对列表，然后遍历列表并检查all_neighbors列表中的残差数是否对应于centerResidueList中的残差数。

from Bio.PDB import *

centerResidueList = [100, 140, 170, 53]
neighbours_resi_number = []
structure = PDBParser().get_structure('X', "1xxx.pdb") 
atom_list = Selection.unfold_entities(structure, 'A') 
ns = NeighborSearch(atom_list)
all_neighbors = ns.search_all(10.0, "R") 
for residuepair in all_neighbors:
    resi_number = residuepair[0].id[1]
    if resi_number in centerResidueList:
        resi_number_partner = residuepair[1].id[1]
        neighbours_resi_number.append(resi_number_partner)

首先，我如何仅使用CA原子创建atom_list？

其次，residuepair[0].id[1]是生成残差数的正确方法（它有效，但有没有方法可以得到这个）？

最后，有没有更好的解决方案来实现这一目标？

Answer 1

使用NeighborSearch绝对是正确的想法 - 它构造了一个k-d tree，它可以对最近的邻居执行非常快速的查找。

如果你只有几个残留物来搜索，我会在这些残基的原子上使用search()方法（也许只是它们的CA原子的速度）。这比使用search_all()然后过滤更有效。我会回答你的两个问题，然后在底部提供一个完整的解决方案。

如何仅使用CA原子创建atom_list？

您可以使用filter或列表理解（我认为列表推导更具可读性）：

atom_list = [atom for atom in structure.get_atoms() if atom.name == 'CA']

其次，residuepair[0].id[1]是生成残差数的正确方法（它有效，但有没有方法可以得到这个）？

这绝对是正确的做法。然而（这是一个重要的警告），请注意，这不会处理insertion codes的残留物。为什么不自己处理Residue个对象？

我的代码：

from Bio.PDB import NeighborSearch, PDBParser, Selection


structure = PDBParser().get_structure('X', "1xxx.pdb")

chain = structure[0]['A']  # Supply chain name for "center residues"
center_residues = [chain[resi] for resi in [100, 140, 170, 53]]
center_atoms = Selection.unfold_entities(center_residues, 'A')

atom_list = [atom for atom in structure.get_atoms() if atom.name == 'CA']
ns = NeighborSearch(atom_list)

# Set comprehension (Python 2.7+, use `set()` on a generator/list for < 2.7)
nearby_residues = {res for center_atom in center_atoms
                   for res in ns.search(center_atom.coord, 10, 'R')}

# Print just the residue number (WARNING: does not account for icodes)
print sorted(res.id[1] for res in nearby_residues)

获取一组残留物的所有邻居

1 个答案: