创建函数以对多个连续变量执行ttests时出错

时间:2014-03-09 17:27:12

标签: r

所以我试图创建一个函数,它将接受一串连续变量,一个分类变量和一个数据帧,并为每个连续变量输出一个表:mean group1,mean group2,teststat,confidence interval ,p值。

目前这里给出的错误是:model.frame.default中的错误(formula = var~class,data = data):变量长度不同(找到'class')

我很想知道如何修复此错误并使此功能按我喜欢的方式进行反馈。我想让这个功能更加实用和灵活,但我甚至无法获得基本版本(处理多个变量)。

谢谢!

#Continuous must be an object of the form:
   #vars<-c("cont1", "cont2", "cont3", etc)
#CREATE DATA
cat1<-sample(c(1,2), 100, replace=T)
cont1<-rnorm(100, 25, 8)
cont2<-rnorm(100, 0, 1)
cont3<-rnorm(100, 6, 14.23)
cont4<-rnorm(100, 25, 8)*runif(5, 0.1, 1)
one<-data.frame(cat1, cont1, cont2, cont3, cont4)

#FUNCTION
two.group.comp<-function(continvars,class,data){
attach(data)

descriptives<-function(var){
 test<-t.test(var~class, data)
 means<-data.frame(test[5])
 mean1<-means[1,1]
 mean2<-means[2,1]
 teststatbig<-data.frame(test[1])
 teststat<-teststatbig[1,1]
 conf<-data.frame(test[4])
 lconf<-conf[1,1]
 uconf<-conf[2,1]
 pvalues<-data.frame(test[3])
 pvalue<-pvalues[1,1]

 variablename<-deparse(substitute(var))

 entry<-data.frame(variablename,mean1,mean2,lconf,uconf,teststat,pvalue)
 }  
 var<-data.frame(continvars)
 table<<-sapply(var,descriptives)
  detach(data)
}  
#VARIABLES
continvars<-c("cont1", "cont2", "cont3")
#CALL TO FUNCTION
two.group.comp(continvars=continvars, class=cat1, data=one)

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

这样做你想要的吗?

two.group.comp <- function(continvars,class,data){
  get.stats <- function(x,cat){
    f  <- unique(cat)
    x1 <- x[cat==f[1]]
    x2 <- x[cat==f[2]]
    tt <- t.test(x1,x2)
    smry        <- c(tt$estimate,tt$statistic,p=tt$p.value)
    names(smry) <- c("mean.1","mean.2","t","p")
    return(smry)
  }
  result <- do.call(rbind,lapply(data[,continvars],get.stats,cat=class))
  return(result)
}
# create sample dataset
set.seed(1)
cat1 <-sample(c(1,2), 100, replace=T)
cont1<-rnorm(100, 25, 8)
cont2<-rnorm(100, 0, 1)
cont3<-rnorm(100, 6, 14.23)
cont4<-rnorm(100, 25, 8)*runif(5, 0.1, 1)
one  <-data.frame(cat1, cont1, cont2, cont3, cont4)
continvars<-c("cont1", "cont2", "cont3")
# call the function...
two.group.comp(continvars,cat1,one)
#           mean.1      mean.2          t          p
# cont1 24.4223859 25.33275704 -0.6024497 0.54827955
# cont2  0.0330148  0.01168979  0.1013519 0.91947827
# cont3 10.5784201  4.00651493  2.4183031 0.01747468

从内到外工作:

  1. get.stats(...)只需data一列,根据x1将其拆分为x2cat,运行t检验,然后返回摘要统计作为命名向量。
  2. lapply(...)一次将continvars dataget.stats(...)传递给do.call(rbind,...)
  3. lapply(...)将从行{{1}}返回的向量集合在一起,以生成最终结果表。
  4. 如果您传递列号而不是列名,这也会起作用。

    一条建议:你设置它的方式,你传递连续变量的列名,但你将分组因子作为向量传递。如果您传递分组因子的列名称,它会更清晰。